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- PDB-7a50: Crystal structure of the APH coiled-coil in complex with nanobody Nb26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a50
タイトルCrystal structure of the APH coiled-coil in complex with nanobody Nb26
要素
  • Coiled-coil APH
  • Nanobody Nb26
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled-coil / nanobody / antibody / protein design
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Hadzi, S.
資金援助European Union, スロベニア, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)787115European Union
Slovenian Research AgencyP4-0176 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0201 スロベニア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A nanobody toolbox targeting dimeric coiled-coil modules for functionalization of designed protein origami structures.
著者: Majerle, A. / Hadzi, S. / Aupic, J. / Satler, T. / Lapenta, F. / Strmsek, Z. / Lah, J. / Loris, R. / Jerala, R.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody Nb26
B: Coiled-coil APH
C: Nanobody Nb26
D: Coiled-coil APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5457
ポリマ－40,3594
非ポリマー1863
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.220, 198.220, 58.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 93 or resid 95 through 124))
21(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNCYSCYS(chain A and (resid 1 through 93 or resid 95 through 124))AA1 - 931 - 93
121ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 1 through 93 or resid 95 through 124))AA95 - 12495 - 124
211GLNGLNGLNGLN(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...CC11
221GLNGLNGLYGLY(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...CC1 - 1241 - 124
231GLNGLNGLYGLY(chain C and ((resid 1 and (name CA or name...CC1 - 1241 - 124
112ACEACENH2NH2chain BBB0 - 411 - 42
212ACEACENH2NH2chain DDD0 - 411 - 42

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Nanobody Nb26


分子量: 15343.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Coiled-coil APH


分子量: 4835.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5, 20 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→43.32 Å / Num. obs: 29399 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 2.07 % / Biso Wilson estimate: 51.06 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 8.07
反射 シェル解像度: 1.999→2.071 Å / 冗長度: 3.22 % / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 2821 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 95.85

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Modeler

解像度: 1.999→43.32 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 1470 5 %
Rwork0.1821 27904 -
obs0.1843 29374 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.27 Å2 / Biso mean: 69.956 Å2 / Biso min: 39.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 12 123 2753
Biso mean--89.19 62.26 -
残基数----335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0013629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4181621
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1063X-RAY DIFFRACTION10.819TORSIONAL
12C1063X-RAY DIFFRACTION10.819TORSIONAL
21B411X-RAY DIFFRACTION10.819TORSIONAL
22D411X-RAY DIFFRACTION10.819TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.999-2.07010.37721400.3497264695
2.0701-2.1530.32661470.28022787100
2.153-2.2510.29341460.24772776100
2.251-2.36970.26811470.22232801100
2.3697-2.51810.25041470.20712787100
2.5181-2.71250.27121470.21482786100
2.7125-2.98540.23921470.21072804100
2.9854-3.41730.27551490.20982819100
3.4173-4.30480.20191480.16222820100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3185-1.72842.37098.25180.77546.4061-0.42841.0770.1968-0.84550.4435-1.18560.70030.867-0.0240.70840.05380.15690.817-0.01610.690832.819114.50329.1914
24.86484.4263-6.54234.0686-6.08839.1533-0.51841.1789-0.4475-0.70660.7405-2.24880.4071-0.11770.13610.7415-0.0810.22930.7433-0.04631.012529.152933.608610.4421
34.7152-2.9343-1.13878.2296-0.49574.27310.44930.1132-0.5262-1.4449-0.4692-1.06190.6934-0.2872-0.09880.7955-0.02860.07660.55150.0610.549222.545918.35388.8614
46.3355-3.8796-1.31896.2256-0.09217.6167-0.03210.05760.1150.19940.0349-0.20490.8251-0.1413-0.06590.5433-0.05860.04780.41640.00570.411823.494617.538715.0822
54.3473-3.0318-0.05939.3761-0.89623.40890.06440.624-0.0031-0.66920.19220.30340.8999-0.3862-0.09750.6327-0.1460.00130.444-0.00830.407420.324618.90210.0814
65.6806-2.44690.39177.93321.79032.1343-0.05250.7057-0.2443-0.74480.2328-0.58730.7963-0.0938-0.13350.9562-0.14110.18630.5683-0.030.338225.059111.49935.3639
76.59322.9004-4.50943.5348-1.54212.57160.00870.152-0.8425-0.0106-0.0729-0.6515-0.04950.08290.13640.4832-0.05560.0370.46930.14070.597913.286234.266219.7004
84.4628-2.87640.56233.4393-3.07214.89030.12740.7631-1.8001-1.9858-0.00252.79350.567-1.7056-0.2240.5778-0.1419-0.09060.89620.15481.1495-16.022343.10028.6606
93.9555-0.98611.21524.82980.51053.4949-0.20040.08940.37210.0954-0.0544-0.2038-0.8918-0.45710.010.49570.1401-0.11650.71070.22650.6647-14.93559.7168.5738
106.1181-4.98043.34414.1732-2.59012.12780.9098-0.5079-1.0557-0.6519-0.67440.82930.8059-1.7318-0.11840.553-0.22650.01720.83820.08310.8303-9.483938.059417.0847
114.1101-2.01571.69936.2384-1.18734.23030.28360.6442-0.0291-0.6533-0.4239-0.373-0.0990.09830.25470.5446-0.0110.00670.62990.22810.5529-4.002851.28283.7835
123.5710.1101-0.72015.1886-0.67154.01250.1607-0.00420.17610.262-0.3056-0.5351-0.682-0.20870.17870.4113-0.0498-0.03160.50780.24580.6542-5.004854.03315.0299
132.8307-2.2750.96315.55620.26942.1780.19280.4360.0646-0.7975-0.3399-0.214-0.5017-0.1660.20630.6379-0.0179-0.01330.68230.29150.6326-7.683756.64374.5299
142.8344-3.17911.44727.6617-3.62782.49140.08380.5224-0.1054-0.5635-0.2625-0.2037-0.0330.09960.18420.5453-0.05710.01040.6130.23520.6028-3.787445.96935.9867
159.29443.5287-5.41094.1068-2.24144.81410.74190.10220.96220.2043-0.1911-0.2414-0.75260.1971-0.5470.4138-0.08830.00470.50430.16520.72319.527640.419.0335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 32 )A26 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 39 )A33 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 80 )A40 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 81 through 106 )A81 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 127 )A107 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 42 )B1 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 7 )C1 - 7
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 8 through 24 )C8 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 25 through 32 )C25 - 32
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 33 through 51 )C33 - 51
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 52 through 80 )C52 - 80
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 81 through 96 )C81 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 97 through 124 )C97 - 124
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 42 )D1 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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