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- PDB-7a4y: Crystal structure of the P5P6 coiled-coil in complex with nanobod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a4y
タイトルCrystal structure of the P5P6 coiled-coil in complex with nanobody Nb34.
要素
  • Coiled-coil P5 peptide
  • Coiled-coil P6 peptide
  • Nanobody Nb34
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled-coil / nanobody / antibody / protein design
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.157 Å
データ登録者Hadzi, S.
資金援助European Union, スロベニア, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)787115European Union
Slovenian Research AgencyP4-0176 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0201 スロベニア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A nanobody toolbox targeting dimeric coiled-coil modules for functionalization of designed protein origami structures.
著者: Majerle, A. / Hadzi, S. / Aupic, J. / Satler, T. / Lapenta, F. / Strmsek, Z. / Lah, J. / Loris, R. / Jerala, R.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody Nb34
B: Nanobody Nb34
C: Nanobody Nb34
D: Coiled-coil P6 peptide
E: Coiled-coil P5 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,84313
ポリマ－51,1425
非ポリマー7018
水2,324129
1
A: Nanobody Nb34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8633
ポリマ－14,7051
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanobody Nb34
D: Coiled-coil P6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4945
ポリマ－18,2402
非ポリマー2543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nanobody Nb34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8973
ポリマ－14,7051
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Coiled-coil P5 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5882
ポリマ－3,4921
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.450, 72.450, 193.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...
21(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...
31(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 163 - 16
12LEULEUPHEPHE(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA18 - 2918 - 29
13ASPASPVALVAL(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA32 - 4832 - 48
14GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 1153 - 115
15GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 1153 - 115
16GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 1153 - 115
17GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 1153 - 115
18GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 1153 - 115
19GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 1153 - 115
21GLNGLNGLYGLY(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB3 - 163 - 16
22LEULEUSERSER(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB18 - 2518 - 25
23GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB26 - 226 - 2
24VALVALARGARG(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB2 - 1172 - 117
25VALVALARGARG(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB2 - 1172 - 117
26VALVALARGARG(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB2 - 1172 - 117
27VALVALARGARG(chain B and (resid 3 through 16 or resid 18...BB2 - 1172 - 117
31GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC3 - 163 - 16
32LEULEUSERSER(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC18 - 2518 - 25
33GLNGLNPHEPHE(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC26 - 2726 - 27
34VALVALSERSER(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC2 - 1152 - 115
35VALVALSERSER(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC2 - 1152 - 115
36VALVALSERSER(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC2 - 1152 - 115
37VALVALSERSER(chain C and (resid 3 through 16 or resid 18...CC2 - 1152 - 115

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 DE

#2: タンパク質・ペプチド Coiled-coil P6 peptide


分子量: 3534.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド Coiled-coil P5 peptide


分子量: 3491.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 1種, 3分子 ABC

#1: 抗体 Nanobody Nb34


分子量: 14705.212 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 137分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulphate, Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980126 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.157→45.008 Å / Num. obs: 32518 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 43.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 2.157→2.234 Å / Num. unique obs: 3060 / CC1/2: 0.853 / % possible all: 95.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Modeler

解像度: 2.157→45.008 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1622 5 %
Rwork0.1961 30847 -
obs0.1977 32469 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.03 Å2 / Biso mean: 56.659 Å2 / Biso min: 27.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.157→45.008 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 38 129 3172
Biso mean--92.8 54.05 -
残基数----405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0114212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1412184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1402X-RAY DIFFRACTION12.26TORSIONAL
12B1402X-RAY DIFFRACTION12.26TORSIONAL
13C1402X-RAY DIFFRACTION12.26TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1573-2.22070.34181240.3007238194
2.2207-2.29240.35381340.27262550100
2.2924-2.37430.30681340.26492531100
2.3743-2.46940.29711330.26942524100
2.4694-2.58180.32131350.26752564100
2.5818-2.71790.30541350.24632558100
2.7179-2.88810.28961340.23262555100
2.8881-3.11110.25751360.23382568100
3.1111-3.42410.24731350.20642592100
3.4241-3.91930.19471380.17412610100
3.9193-4.93690.18471380.14012635100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5979-5.4863-4.0976.52874.88493.6483-0.0169-0.0542-0.3092-0.3383-0.35050.6105-0.5161-0.56940.32370.47950.1310.00780.60320.03090.39933.019625.1174-7.9374
28.916-6.7658-7.47597.64127.53088.86240.20.09040.1897-0.559-0.0594-0.2426-0.50820.0458-0.15710.45270.0706-0.00910.44160.04640.268410.194728.9995-7.3741
32.20120.0311.2442.7977-2.18763.9779-0.08040.1407-0.044-0.2898-0.0253-0.19650.48260.32980.11650.52490.09510.07820.28470.0030.281915.721643.0472-49.3579
45.25270.9849-0.53593.7594-0.79393.6471-0.0503-0.04090.285-0.35840.03260.49050.0698-0.41470.03570.35270.0257-0.06160.36-0.02920.3081-3.327829.975-23.7946
55.1315-0.9314-1.87553.74593.97286.5996-0.21740.3022-0.27640.1457-0.25980.50790.2657-0.69380.43530.4339-0.00290.09130.3141-0.00520.3668-8.689655.1102-40.515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'D' and resid 1 through 31)D1 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid 1 through 31)E1 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 3 through 115)A3 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 2 through 117)B2 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 2 through 115)C2 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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