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- PDB-7a4v: Crystal structure of lid-truncated ADP-bound BiP in an oligomeric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a4v
タイトルCrystal structure of lid-truncated ADP-bound BiP in an oligomeric state
要素Endoplasmic reticulum chaperone BiP
キーワードCHAPERONE / ER / Endoplasmic reticulum / Hsp70 / GRP78
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / negative regulation of protein-containing complex assembly / ATP-dependent protein folding chaperone / melanosome / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm ...negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / negative regulation of protein-containing complex assembly / ATP-dependent protein folding chaperone / melanosome / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Endoplasmic reticulum chaperone BiP
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Perera, L.A. / Ron, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200848/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Calcium depletion challenges endoplasmic reticulum proteostasis by destabilising BiP-substrate complexes.
著者: Preissler, S. / Rato, C. / Yan, Y. / Perera, L.A. / Czako, A. / Ron, D.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1945
ポリマ－57,5431
非ポリマー6504
水5,693316
1
A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP
ヘテロ分子

A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,38710
ポリマ－115,0862
非ポリマー1,3018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.179, 51.249, 118.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum chaperone BiP / 78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock ...78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock protein 70 family protein 5 / HSP70 family protein 5 / Heat shock protein family A member 5 / Immunoglobulin heavy chain-binding protein


分子量: 57543.043 Da / 分子数: 1 / 変異: T229A, V461F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ser27 is the remnants of an expression tag
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: HSPA5, GRP78, I79_019946 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)
参照: UniProt: G3I8R9, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.619433 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07245 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M potassium citrate tribasic monohydrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月4日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→29.27 Å / Num. obs: 43705 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2937 / CC1/2: 0.717 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HAB

6hab


解像度: 1.94→29.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.117 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 2186 5 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.186 41507 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.97 Å2 / Biso mean: 34.398 Å2 / Biso min: 17.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å2-0.44 Å2
2---1.35 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3937 0 40 316 4293
Biso mean--44.88 42.64 -
残基数----521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.655535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2331.5858977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62223.834193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61815691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5861520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02867
LS精密化 シェル解像度: 1.944→1.995 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 138 -
Rwork0.272 2926 -
all-3064 -
obs--94.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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