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万見
- PDB-7a4l: PRE-only solution structure of the Iron-Sulfur protein PioC from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a4l
タイトルPRE-only solution structure of the Iron-Sulfur protein PioC from Rhodopseudomonas palustris TIE-1
要素PioC
キーワードELECTRON TRANSPORT / iron-sulphur protein / paramagnetic protein / paramagnetic NMR / metallo proteins / solution structure by NMR
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / PioC
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris TIE-1 (光合成細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Trindade, I. / Invernici, M. / Cantini, F. / Louro, R. / Piccioli, M.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)Horizon2020: 810856-TIMB3 Twin to illuminate metal in biology and biocatalysis through biospectroscopy ポルトガル
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: PRE-driven protein NMR structures: an alternative approach in highly paramagnetic systems.
著者: Trindade, I.B. / Invernici, M. / Cantini, F. / Louro, R.O. / Piccioli, M.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PioC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2342
ポリマ－5,8831
非ポリマー3521
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area330 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area4090 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2000target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 PioC / Putative iron oxidase oxidoreductase protein


分子量: 5882.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris TIE-1 (光合成細菌)
遺伝子: Rpal_0815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1EBT4
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
115isotropic52D 1H-15N HSQC
124isotropic33D HNCO
174isotropic33D HN(CA)CO
134isotropic33D HN(CA)CB
164isotropic33D HN(COCA)CB
144isotropic23D 1H-15N NOESY
154isotropic43D 1H-13C NOESY
184isotropic32D CON
192isotropic22D NOESY
1102isotropic12D TOCSY
1115isotropic52D relaxation experiment
1124isotropic62D 15N-IR-HSQC AP
1134isotropic62D R2-weighted 15N-HSQC-AP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution2500 uM PioC, 90% H2O/10% D2Ounlabeled90% H2O/10% D2O
solution5500 uM [U-15N] PioC, 90% H2O/10% D2O15_sample90% H2O/10% D2O
solution4500 uM [U-13C; U-15N] PioC, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMPioCnatural abundance2
500 uMPioC[U-15N]5
500 uMPioC[U-13C; U-15N]4
試料状態詳細: These conditions are the same for all the NMR samples
イオン強度: 300 mM / Label: ALL SAMPLES / pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4006
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5005Console NEO
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9504Console NEO
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003Console NEO

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber16Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
TopSpin3.6Bruker Biospin解析
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics2
molecular dynamics3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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