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- PDB-7a48: Crystal structure of the APH coiled-coil in complex with Nb49 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a48
タイトルCrystal structure of the APH coiled-coil in complex with Nb49
要素
  • APH colied-coil
  • Nanobody 49
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled-coil / nanobody / antibody / protein design
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.547 Å
データ登録者Hadzi, S.
資金援助European Union, スロベニア, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)787115European Union
Slovenian Research AgencyP4-0176 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0201 スロベニア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A nanobody toolbox targeting dimeric coiled-coil modules for functionalization of designed protein origami structures.
著者: Majerle, A. / Hadzi, S. / Aupic, J. / Satler, T. / Lapenta, F. / Strmsek, Z. / Lah, J. / Loris, R. / Jerala, R.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody 49
B: APH colied-coil


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4882
ポリマ－19,4882
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Nanobody 49
B: APH colied-coil

A: Nanobody 49
B: APH colied-coil


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9764
ポリマ－38,9764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.580, 26.070, 54.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Nanobody 49


分子量: 14652.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド APH colied-coil


分子量: 4835.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.547→44.735 Å / Num. obs: 18085 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 3.11 % / Biso Wilson estimate: 23.47 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 7.61
反射 シェル解像度: 1.547→1.603 Å / Num. unique obs: 1644 / CC1/2: 0.722 / Rrim(I) all: 0.672 / % possible all: 89.83

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Modeller

解像度: 1.547→44.735 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2119 905 5.01 %
Rwork0.1787 17175 -
obs0.1805 18080 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.57 Å2 / Biso mean: 32.9294 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.547→44.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 0 0 96 1350
Biso mean---40.68 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8551800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.569974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.547-1.64360.29761410.2459266691
1.6436-1.77050.28341490.2378283698
1.7705-1.94870.27371520.2055288298
1.9487-2.23070.2091530.1807290398
2.2307-2.81030.2291520.2002288798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.66670.9281-0.37522.54370.22162.6289-0.0738-0.34410.12280.01010.02130.009-0.09550.06710.02190.13850.0204-0.04210.1518-0.01450.093612.4942-29.183213.9456
23.67440.9504-3.38971.2282-0.95856.4543-0.26740.0807-0.234-0.1283-0.0834-0.16980.24170.26620.13070.19140.0007-0.03470.23590.00190.1743.0557-33.68282.5936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 121)A2 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 42)B1 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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