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- PDB-7a47: KRASG12C GDP form in complex with Cpd4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a47
タイトルKRASG12C GDP form in complex with Cpd4
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN / inhibitor / mutant
機能・相同性small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-QY5 / Isoform 2B of GTPase KRas
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Bertrand, T. / Steier, V.
引用ジャーナル: Small Gtpases / 年: 2022
タイトル: KRAS G12C fragment screening renders new binding pockets.
著者: Mathieu, M. / Steier, V. / Fassy, F. / Delorme, C. / Papin, D. / Genet, B. / Duffieux, F. / Bertrand, T. / Delarbre, L. / Le-Borgne, H. / Parent, A. / Didier, P. / Marquette, J.P. / Lowinski, ...著者: Mathieu, M. / Steier, V. / Fassy, F. / Delorme, C. / Papin, D. / Genet, B. / Duffieux, F. / Bertrand, T. / Delarbre, L. / Le-Borgne, H. / Parent, A. / Didier, P. / Marquette, J.P. / Lowinski, M. / Houtmann, J. / Lamberton, A. / Debussche, L. / Alexey, R.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
C: Isoform 2B of GTPase KRas
E: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3039
ポリマ－58,1253
非ポリマー3,1796
水3,801211
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4343
ポリマ－19,3751
非ポリマー1,0602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4343
ポリマ－19,3751
非ポリマー1,0602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4343
ポリマ－19,3751
非ポリマー1,0602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.33, 110.33, 116.97
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19374.902 Da / 分子数: 3 / 変異: G12C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G12C mutant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pET-28a / 詳細 (発現宿主): T7 promoter / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-QY5 / ~{N}-[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-3-[[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-propanoyl-amino]propanamide


分子量: 616.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24Br2N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.1 M Sodium Citrate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976256 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976256 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→30.73 Å / Num. obs: 44756 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3443

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A1X

7a1x


解像度: 2.16→30.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 2229 -RANDOM
Rwork0.193 ---
obs-44566 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.524 Å20 Å20 Å2
2--2.524 Å20 Å2
3----5.048 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→30.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4002 0 192 211 4405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014296HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15823HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1551SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes741HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4296HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion555SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5044SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.33
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.22 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 163 5 %
Rwork0.24 3094 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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