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万見
- PDB-7a3y: RNA duplex with a cytosine bulge in complex with berberine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3y
タイトルRNA duplex with a cytosine bulge in complex with berberine
要素
  • RNA-A chain A
  • RNA-A chain B
キーワードRNA / berberine / cytosine bulge
機能・相同性BERBERINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Podbevsek, P. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Interaction between berberine and RNA for the exploration of phytochemicals role
著者: Podbevsek, P. / Plavec, J.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-A chain A
B: RNA-A chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2973
ポリマ－7,9612
非ポリマー3361
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR observables
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1910 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4820 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA-A chain A


分子量: 4109.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA-A chain B


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BER / BERBERINE / ベルベリン


分子量: 336.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.3 mM RNA-A chain A, 0.3 mM RNA-A chain B, 100 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
詳細: Equimolar ammounts of RNA and berberine in solution / Label: complex / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMRNA-A chain Anatural abundance1
0.3 mMRNA-A chain Bnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 110 mM / Label: c1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS800 / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS800 / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis3.0.1CCPNchemical shift assignment
Amber20Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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