PDB-7a0l: Joint neutron/X-ray room temperature structure of perdeuterated A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a0l

タイトル

Joint neutron/X-ray room temperature structure of perdeuterated Aspergillus flavus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor and catalytic water bound in the peroxo hole

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / INHIBITOR / CATALYTIC WATER / DIOXYGEN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase catabolic process / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

McGregor, L. / Bui, S. / Blakeley, M.P. / Steiner, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Joint neutron/X-ray crystal structure of a mechanistically relevant complex of perdeuterated urate oxidase and simulations provide insight into the hydration step of catalysis.
著者: McGregor, L. / Foldes, T. / Bui, S. / Moulin, M. / Coquelle, N. / Blakeley, M.P. / Rosta, E. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2020年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a0l.cif.gz	257.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a0l.ent.gz	187.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a0l_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a0l_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	7a0l_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	7a0l_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d12S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ic0-1 1xt4-1 3pkf-1 4d13-1 4poe-1 3pk8-1 3pk3-1 3cks-1 1r4u-1 4op6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Uricase

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.628, 96.130, 105.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-827- HOH

#1: タンパク質	Uricase / Urate oxidase 分子量: 34288.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE 分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7.6 / 詳細: TRIS-Acetate, PEG 8000, 8AZA

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	293	1	N
2	293	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
NUCLEAR REACTOR	ILL	LADI III	1	3.12-4.20
シンクロトロン	ESRF	BM30A	2	0.98

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
LADI III	1	IMAGE PLATE	2018年10月30日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2018年10月30日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	3.12	1
2	4.2	1
3	0.98	1

反射

B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / Entry-ID: 7A0L

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.1-40	19234	80.2	3.4	0.987	0.141	0.079	1	5.8
1.33-52.7	93643	99.8	9.2	1	0.041	0.014	2	24.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.21	3.3	0.383	2.9	2357	0.826	0.215	1	68.1
1.33-1.35	5.3	1.273		4505	0.465	0.598	2	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
LAUEGEN		data processing
DIALS		data processing
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法	開始モデル	解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	SU ML	Diffraction-ID	交差検証法	σ(F)	位相誤差	減衰半径 (Å)	VDWプローブ半径 (Å)	立体化学のターゲット値	溶媒モデル
分子置換	4D12 4d12	1.33-35.51	X-RAY DIFFRACTION	24.17	0.1093	0.1016	0.1019	6749	174631	93643	3.72	99.72	0.1188	2	FREE R-VALUE	0.31	11.7757	0.9	1.11	GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2	FLAT BULK SOLVENT MODEL
分子置換	4D12 4d12	2.1-32.21	NEUTRON DIFFRACTION		0.2303	0.2147				19080		78.66	0.1188	1	FREE R-VALUE		11.7757	0.9	1.11	GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2	FLAT BULK SOLVENT MODEL
			X-RAY+NEUTRON

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→35.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2366	0	12	351	2729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY+NEUTRON	f_bond_d	0.0098	5885
X-RAY+NEUTRON	f_angle_d	1.411	10013
X-RAY+NEUTRON	f_chiral_restr	0.0915	416
X-RAY+NEUTRON	f_plane_restr	0.0064	817
X-RAY+NEUTRON	f_dihedral_angle_d	18.6239	1567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.35	0.3154	223	0.3132	5672	X-RAY+NEUTRON	95.99
1.35-1.36	0.3184	234	0.295	5718	X-RAY+NEUTRON	98.82
1.36-1.38	0.3253	213	0.2841	5802	X-RAY+NEUTRON	99.18
1.38-1.39	0.2779	241	0.2648	5809	X-RAY+NEUTRON	99.77
1.39-1.41	0.2602	200	0.2321	5877	X-RAY+NEUTRON	99.79
1.41-1.43	0.1997	250	0.1936	5795	X-RAY+NEUTRON	99.85
1.43-1.45	0.1931	183	0.1822	5789	X-RAY+NEUTRON	99.87
1.45-1.47	0.1806	226	0.1657	5847	X-RAY+NEUTRON	99.92
1.47-1.5	0.1481	218	0.1542	5827	X-RAY+NEUTRON	99.97
1.5-1.52	0.1506	219	0.1376	5866	X-RAY+NEUTRON	99.82
1.52-1.55	0.1407	246	0.1309	5841	X-RAY+NEUTRON	99.89
1.55-1.58	0.1184	197	0.1177	5868	X-RAY+NEUTRON	99.92
1.58-1.61	0.1147	254	0.1064	5788	X-RAY+NEUTRON	99.95
1.61-1.64	0.0967	222	0.0957	5838	X-RAY+NEUTRON	99.93
1.64-1.68	0.1134	258	0.0992	5776	X-RAY+NEUTRON	99.97
1.68-1.71	0.1123	213	0.0935	5870	X-RAY+NEUTRON	99.97
1.71-1.76	0.0992	233	0.0827	5777	X-RAY+NEUTRON	99.93
1.76-1.8	0.1052	209	0.0794	5855	X-RAY+NEUTRON	99.97
1.81-1.86	0.0973	212	0.0763	5867	X-RAY+NEUTRON	99.93
1.86-1.92	0.0975	228	0.0747	5827	X-RAY+NEUTRON	99.9
1.92-1.99	0.0739	220	0.0703	5811	X-RAY+NEUTRON	99.93
1.99-2.07	0.0836	260	0.072	5846	X-RAY+NEUTRON	99.89
2.07-2.16	0.0908	204	0.0773	5844	X-RAY+NEUTRON	100
2.16-2.27	0.0844	200	0.0787	5856	X-RAY+NEUTRON	99.98
2.27-2.42	0.1117	203	0.0851	5874	X-RAY+NEUTRON	99.97
2.42-2.6	0.1023	219	0.0913	5839	X-RAY+NEUTRON	99.98
2.6-2.86	0.1048	250	0.0999	5781	X-RAY+NEUTRON	99.95
2.86-3.28	0.1112	262	0.104	5809	X-RAY+NEUTRON	99.9
3.28-4.13	0.0828	236	0.0878	5815	X-RAY+NEUTRON	99.84
4.13-35.51	0.0979	216	0.0976	5847	X-RAY+NEUTRON	99.85

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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