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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a0l | ||||||
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タイトル | Joint neutron/X-ray room temperature structure of perdeuterated Aspergillus flavus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor and catalytic water bound in the peroxo hole | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / INHIBITOR / CATALYTIC WATER / DIOXYGEN BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McGregor, L. / Bui, S. / Blakeley, M.P. / Steiner, R.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Joint neutron/X-ray crystal structure of a mechanistically relevant complex of perdeuterated urate oxidase and simulations provide insight into the hydration step of catalysis. 著者: McGregor, L. / Foldes, T. / Bui, S. / Moulin, M. / Coquelle, N. / Blakeley, M.P. / Rosta, E. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 256.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4d12S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34288.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7.6 / 詳細: TRIS-Acetate, PEG 8000, 8AZA |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Entry-ID: 7A0L
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反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→35.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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