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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a0j | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the CRINKLY WD40 ectodomain from the Arabidopsis thaliana receptor kinase ACR4 | |||||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4 | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / WD40 domain / plant membrane receptor kinase / disulfide bond / ligand binding | |||||||||
機能・相同性 | ![]() flower morphogenesis / root cap development / plant epidermal cell differentiation / transmembrane receptor protein kinase activity / lateral root formation / regulation of asymmetric cell division / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / root development / embryo development ending in seed dormancy / multivesicular body membrane ...flower morphogenesis / root cap development / plant epidermal cell differentiation / transmembrane receptor protein kinase activity / lateral root formation / regulation of asymmetric cell division / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / root development / embryo development ending in seed dormancy / multivesicular body membrane / endocytic vesicle / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / cell surface / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hothorn, M. / Okuda, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Arabidopsis and Physcomitrella CR4 reveal the molecular architecture of CRINKLY4 receptor kinases. 著者: Okuda, S. / Hothorn, L.A. / Hothorn, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 392.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33692.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ACR4, At3g59420, F25L23.280 / 器官: seedling / プラスミド: pFastBac / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9LX29, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 糖 | ChemComp-NAG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 16 % PEG 6,000, 0.01 M tri-sodium citrate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→48.05 Å / Num. obs: 83857 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 13541 / CC1/2: 0.39 / Rrim(I) all: 1.94 / Rsym value: 2.08 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.462 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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