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- PDB-7a0d: The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0d
タイトルThe Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution
要素
  • (Prothrombin) x 2
  • Hirudin variant-1
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Hirudin / Thrombin / Selenocysteine / Derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type peptidase activity / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / toxin activity / : ...negative regulation of serine-type peptidase activity / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / platelet activation / toxin activity / : / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain ...Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Prothrombin / Hirudin variant-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hidmi, T. / Mousa, R. / Pomyalov, S. / Lansky, S. / Khouri, L. / Metanis, N. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2021
タイトル: Diselenide crosslinks for enhanced and simplified oxidative protein folding
著者: Mousa, R. / Hidmi, T. / Pomyalov, S. / Lansky, S. / Khouri, L. / Shalev, D.E. / Shoham, G. / Metanis, N.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: Prothrombin
III: Hirudin variant-1
LLL: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0225
ポリマ－42,5753
非ポリマー4472
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Bovine thrombin composed of heavy chain (H) and light chain (L) complexed with selenocysteine Hirudin (C16U/C28U) (I)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.672, 102.374, 142.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11HHH-637-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HHHIII

#1: タンパク質 Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#2: タンパク質 Hirudin variant-1 / Hirudin-1 / Hirudin-I


分子量: 7067.295 Da / 分子数: 1 / Mutation: C16U/C28U / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01050

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 LLL

#3: タンパク質・ペプチド Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 5735.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 358分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.18 Å / Num. obs: 56998 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 2.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2752 / CC1/2: 0.421 / Rpim(I) all: 0.693 / Rrim(I) all: 2.47 / Rsym value: 2.37 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSdata processing
Aimlessデータスケーリング
Aimlessデータ削減
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0258精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HRT

1hrt


解像度: 1.6→48.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.002 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 2797 4.911 %
Rwork0.1828 54156 -
all0.184 --
obs-56953 99.865 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.401 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.722 Å2-0 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2801 0 29 357 3187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.6543960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0145360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56822.273154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73315502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7211520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2830.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2080.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9042.841428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1224.2271780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5863.4621496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8034.9772176
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.48140.9954448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.281580.3173974X-RAY DIFFRACTION98.7808
1.642-1.6870.3182320.2933828X-RAY DIFFRACTION100
1.687-1.7350.2822120.2633766X-RAY DIFFRACTION100
1.735-1.7890.2741680.243666X-RAY DIFFRACTION99.9739
1.789-1.8470.2641880.2283522X-RAY DIFFRACTION100
1.847-1.9120.2491680.2043422X-RAY DIFFRACTION100
1.912-1.9840.231690.1933312X-RAY DIFFRACTION100
1.984-2.0650.1971660.1773184X-RAY DIFFRACTION99.9702
2.065-2.1570.2171900.1783051X-RAY DIFFRACTION100
2.157-2.2630.2641320.1842985X-RAY DIFFRACTION100
2.263-2.3850.2191340.1682783X-RAY DIFFRACTION100
2.385-2.530.2131300.1772667X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.7040.2011280.1782504X-RAY DIFFRACTION100
2.704-2.9210.2311320.1872319X-RAY DIFFRACTION100
2.921-3.1990.288920.2062170X-RAY DIFFRACTION100
3.199-3.5770.1921160.1761931X-RAY DIFFRACTION100
3.577-4.130.186950.1371741X-RAY DIFFRACTION100
4.13-5.0570.154750.1261490X-RAY DIFFRACTION100
5.057-7.1470.201690.2041163X-RAY DIFFRACTION99.9189
7.147-48.180.194430.211678X-RAY DIFFRACTION99.4483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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