PDB-7a03: The Structure of CHT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a03

タイトル

The Structure of CHT

要素

M32 carboxypeptidase

キーワード

HYDROLASE / Carboxypeptidase / Metalloenzyme

機能・相同性

CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Chitinophagaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Fernandes, G. / Machado, E. / Pereira, M. / Brear, P. / Lemos, E.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exploring the genome of Chitinophaga (CB10) for metalocarboxipeptidase activity
著者: Fernandes, G. / Machado, E. / Pereira, M. / Brear, P. / Lemos, E.

履歴

登録	2020年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a03.cif.gz	424.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a03.ent.gz	348.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7a03_validation.pdf.gz	355.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a03_full_validation.pdf.gz	361 KB	表示
XML形式データ	7a03_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	7a03_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7a03-2 6et3-2 5msr-2 2xhv-1 2xhv-2 5k8f-1 3gnv-1 1mhl-2 1yvf-d 4jsd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: M32 carboxypeptidase

B: M32 carboxypeptidase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: M32 carboxypeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: M32 carboxypeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.095, 110.266, 113.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	M32 carboxypeptidase 分子量: 57453.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Chitinophagaceae bacterium (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Na3 Cit pH 5 20% w/v PEG 6K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.39→71.133 Å / Num. obs: 234729 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.39-1.43	10	1.79	1.1	17198	0.576	0.588	1.886	100
6.22-71.13	9.7	0.031		2892	0.998	0.01	0.032	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Unpublished

解像度: 1.39→71.133 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	11365	5.04 %
R_work	0.2453	214329	-
obs	0.2463	225694	96.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.26 Å² / B_iso mean: 22.1172 Å² / B_iso min: 9.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.39→71.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8035	0	52	584	8671
B_iso mean	-	-	31.19	27.21	-
残基数	-	-	-	-	987

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.39-1.4057	0.4234	368	0.3697	7174	98
1.4057-1.4222	0.3487	371	0.3734	7178	98
1.4222-1.4396	0.4383	286	0.5017	6060	82
1.4396-1.4578	0.4246	383	0.4211	7204	97
1.4578-1.477	0.4936	377	0.4575	7232	98
1.477-1.4972	0.4515	304	0.4649	5960	81
1.4972-1.5186	0.4028	400	0.3457	7184	97
1.5186-1.5413	0.4175	396	0.4001	7171	98
1.5413-1.5654	0.325	378	0.2885	7331	99
1.5654-1.591	0.2879	418	0.269	7318	99
1.591-1.6185	0.2631	401	0.2665	7357	100
1.6185-1.6479	0.2967	387	0.2602	7319	100
1.6479-1.6796	0.2655	381	0.2426	7378	100
1.6796-1.7139	0.272	413	0.2405	7317	99
1.7139-1.7512	0.267	410	0.2327	7377	100
1.7512-1.7919	0.2467	415	0.2194	7312	100
1.7919-1.8367	0.2285	409	0.2067	7417	100
1.8367-1.8864	0.2676	436	0.2295	7247	99
1.8864-1.9419	0.6354	252	0.6085	4713	64
1.9419-2.0046	0.2614	372	0.2425	7303	98
2.0046-2.0762	0.2645	377	0.2299	7357	99
2.0762-2.1593	0.2345	373	0.1996	7426	99
2.1593-2.2576	0.4331	329	0.3931	6759	91
2.2576-2.3767	0.2803	382	0.2396	6856	92
2.3767-2.5256	0.2149	391	0.195	7467	100
2.5256-2.7206	0.2324	370	0.1978	7499	100
2.7206-2.9944	0.2091	395	0.1947	7501	100
2.9944-3.4277	0.2166	412	0.2011	7520	100
3.4277-4.3184	0.2066	402	0.1866	7496	99
4.3184-71.133	0.1507	377	0.1623	7896	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.6768 Å / Origin y: -3.7448 Å / Origin z: 29.3184 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0768 Å²	-0.0035 Å²	-0.008 Å²	-	0.1764 Å²	0.0147 Å²	-	-	0.1077 Å²
L	0.4196 °²	0.031 °²	-0.06 °²	-	0.2027 °²	-0.1076 °²	-	-	0.2342 °²
S	0.0031 Å °	0.0622 Å °	0.023 Å °	0.0059 Å °	-0.0019 Å °	-0.0006 Å °	0.0042 Å °	-0.005 Å °	-0.0029 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	8 - 500
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	6 - 499
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 7
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2 - 616
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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