PDB-7a00: Crystal structure of Shank1 PDZ in complex with L6F mutant of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a00

タイトル

Crystal structure of Shank1 PDZ in complex with L6F mutant of the C-terminal hexapeptide from GKAP

要素

L6F mutant of C-terminal hexapeptide from Guanylate kinase-associated protein
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Shank1 PDZ / GKAP

機能・相同性

機能・相同性情報

somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / vocalization behavior / habituation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Zsofia, H. / Hetherington, K. / Fruzsina, H. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.

資金援助

英国, 5件

組織	認可番号	国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/N035267/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/KO39292/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/L01386X/1	英国
Royal Society	SRF/R1/191087	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/N025652/1	英国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Query-guided protein-protein interaction inhibitor discovery.
著者: Celis, S. / Hobor, F. / James, T. / Bartlett, G.J. / Ibarra, A.A. / Shoemark, D.K. / Hegedus, Z. / Hetherington, K. / Woolfson, D.N. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Andrews, D.M. / Nelson, A. / Wilson, A.J.

履歴

登録	2020年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a00.cif.gz	128.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a00.ent.gz	82.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/7a00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q3oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2lt4-d 6yx0-2 3h8q-2 4oep-2 4uu5-d 6yx2-2 2kpk-d 1ujv-d 1y7x-d 6ywz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

C: L6F mutant of C-terminal hexapeptide from Guanylate kinase-associated protein

D: L6F mutant of C-terminal hexapeptide from Guanylate kinase-associated protein

26.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

C: L6F mutant of C-terminal hexapeptide from Guanylate kinase-associated protein

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

D: L6F mutant of C-terminal hexapeptide from Guanylate kinase-associated protein

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 2 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.180, 66.470, 88.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTRIP 分子量: 12341.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHANK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y566
#2: タンパク質・ペプチド	L6F mutant of C-terminal hexapeptide from Guanylate kinase-associated protein 分子量: 777.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES 7 PEG 400 40%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→53.17 Å / Num. obs: 25591 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.64 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 1.993 / Num. unique obs: 1253 / CC_1/2: 0.595 / R_pim(I) all: 0.559 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHASER		位相決定
xia2		data processing
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q3O

1q3o

解像度: 1.78→44.29 Å / SU ML: 0.281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.8298
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	1234	4.83 %
R_work	0.2134	24300	-
obs	0.2153	25534	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→44.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1757	0	0	169	1926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	1806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7195	2441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522	274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	322
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.0619	1077

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.85	0.4112	131	0.3578	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.85-1.94	0.2983	124	0.2811	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.94-2.04	0.2538	133	0.2394	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.04-2.17	0.2823	122	0.2337	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.17-2.33	0.2646	136	0.224	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.33-2.57	0.2778	129	0.226	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.57-2.94	0.2988	137	0.2355	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.94-3.7	0.2516	153	0.2067	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.7-44.29	0.2107	169	0.1862	2808	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.35120438352	0.191355266854	-0.136672852482	0.0972975366979	0.293285478676	0.443659441731	0.110226530226	0.0844474084019	-0.0175902041196	0.0232036513968	-0.0334421706416	-0.048068932822	-0.205470490379	0.21016219625	-0.00010925545668	0.327828030162	0.0208308939646	0.0284187779991	0.350034060197	-0.00106251452517	0.28941603064	-12.9045910401	5.92921677856	1.22862150351
2	0.27563073728	-0.379976016824	0.826043655085	0.477706077649	-0.987359877444	3.18279749499	-0.250803298989	-0.639709293988	-0.300201243776	0.981750409644	-0.183366068082	-0.115494931023	0.105109546144	0.737049118014	0.0892458374919	0.605785651942	0.135486698752	0.0370157196645	0.408457460907	0.116410155231	0.517666927038	-7.41134246463	-8.12864770541	9.1163243706
3	0.779265905007	-1.12541108935	-0.173477295151	1.25914818759	0.0254288890304	0.844581960777	0.490239212999	-0.898601894976	-0.518523803552	0.990420346898	-0.534182877166	-0.0609038570887	-0.156008773131	1.18900235661	-0.00217898561986	0.55074020196	-0.044101919246	0.00302597802839	0.34694136446	0.0278586812907	0.382760740334	-12.3793337139	-2.29323933909	11.5786357528
4	1.20796891703	-0.649885492255	-0.824333943836	1.32560891942	-0.208057855883	1.63571954683	0.0350628982411	0.00390200598299	-0.130357712979	-0.0784587576974	0.0715080335566	-0.128596285237	-0.0226202799901	0.213082514887	-5.57951840249E-5	0.350109352799	-0.0508841241946	-0.0154759881442	0.274876197618	0.00605627585898	0.315842694377	-10.7536181078	2.07250487175	0.75815269671
5	2.15355626017	0.750087031461	-0.745599524258	0.841335515375	-0.107784615339	1.52266375048	-0.0520365604698	0.229087471597	-0.281539308438	0.174124389919	0.0131015710681	-0.224814074081	0.3881778234	-0.0503867564102	0.000137197177959	0.339699204772	0.0379532007658	-0.0204338665355	0.315434548773	-0.0488841832113	0.364161478015	-10.7780448457	-4.26278762304	-1.99742232105
6	1.68769603998	0.751458089634	1.16212735991	0.303158076465	0.533673670923	0.813820249568	1.25800435546	-0.681535729067	1.0987265987	0.761362475946	-0.10314701083	0.0294698167597	0.0228116356684	-0.0152238900049	0.453952919805	0.871239578072	-0.300834883109	0.269512531526	0.617374004651	-0.279531674195	0.652785122893	-15.5126692729	14.9397224499	20.0550990461
7	-0.00782513578549	-0.0336874710277	-0.0120148391238	0.0474011828118	-0.0117966378506	-0.00254520822818	0.119385822313	0.250690488781	0.597091441532	0.456228600367	0.135632279796	0.391570325924	-1.05602342618	-0.868417081848	0.000303415243159	0.588965498445	0.108608714346	0.104120284332	0.385847807108	0.0615108484112	0.432460337385	-21.3706085867	11.3149733676	0.629064250676
8	0.26868898925	0.392320907371	0.185452785733	1.31883338627	0.257220049765	0.271684374399	0.111876944282	-0.179564911074	-0.177747535423	-0.22647651239	-0.328456940583	-0.244056466591	-0.183780145562	0.264757907898	0.000427727312388	0.359486072013	-0.00984789868763	0.0231773325176	0.364962942121	0.0204301035815	0.311001056886	-28.2268663594	7.08188716422	24.9150627851
9	1.82381216438	0.385702833866	0.148503501731	2.39753888885	-0.947351148562	0.368364145513	0.0695955402527	0.163954234125	-0.249535296214	-0.459118558069	-0.19129689346	-0.105035532647	-0.198692035656	-0.343253169405	-0.00103902152591	0.30276653447	0.0255783403288	-0.00308244602611	0.36360848748	-0.0135534744069	0.355432845307	-35.8583048207	-1.6741002597	21.5212375405
10	1.43008542735	1.64779934681	-1.22548591713	2.01020958153	-0.52453750518	1.91622575512	0.185900741189	0.152814619769	0.0948694638005	-0.0260407507117	-0.0303204768712	0.110130656896	-0.234684296687	-0.248430718888	9.48467490285E-5	0.31132609642	0.0953813577936	-0.0137422727369	0.341724989677	0.0107306985359	0.30133450657	-36.4955658304	5.63544745467	23.7431588901
11	0.270105458501	-0.347320223078	0.16099606039	1.1127129203	-0.15952819953	0.545499152332	0.126137904675	-0.386079602866	-0.87675011082	0.0414493940019	-0.062207648438	-0.109430136627	0.839129016397	0.388289606724	-5.68247769162E-5	0.432132097665	-0.035494299603	-0.0104133411599	0.422732753696	0.0517459079546	0.505047369004	-32.4311169007	-8.3386791553	25.5422648898
12	1.29653177038	-0.275546167269	0.211503520174	1.52393472357	0.747673483015	0.409429179668	0.278161706813	0.0599374739184	0.0409528221507	-0.256155474503	-0.330454586229	-0.0886513722025	-0.781543180902	0.360863891768	0.000217624961076	0.423285008782	0.0531842885267	0.00633413753022	0.367060146408	0.0638677228349	0.342873061229	-29.9102210196	6.61875151205	18.5771804331
13	0.0587063935641	0.154777083493	0.118886500171	0.847899449234	0.623305175963	0.449023241391	0.508839931403	-0.546050864543	-0.133263792309	0.239809339468	0.59740565696	-0.88659307692	0.0918421871548	0.571254402104	0.180355740978	0.557168784386	0.179644198457	-0.0779405365291	0.672074430813	0.0667921006002	0.607817017834	-0.706786072965	-4.04935707672	2.48946280933
14	0.256827499924	-0.101984886299	0.0160422489174	0.510970683382	-0.239252618475	0.102862159338	-0.188336117108	0.192750565888	0.187206016114	-0.446437990196	-0.0561907654522	0.30589305088	0.368816199151	-0.885104183269	-0.001085617591	0.432668678459	-0.129279021707	-0.0415532960617	0.490550763725	-0.0762841997324	0.471602601201	-43.152851747	-3.37728413108	21.8598175148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 651 through 675 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 676 through 687 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 688 through 705 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 706 through 734 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 735 through 756 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 757 through 762 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 651 through 656 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 657 through 667 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 668 through 699 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 700 through 725 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 726 through 745 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 746 through 762 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 7 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 7 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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