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万見
- PDB-6zzs: Crystal structure of (R)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zzs
タイトルCrystal structure of (R)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Acinetobacter baumannii complexed with NAD+ and 3-oxovalerate
要素3-hydroxybutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / (R)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase / short-chain dehydrogenase/reductase / mesophilic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / : / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-oxidanylidenepentanoic acid / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Machado, T.F.G. / da Silva, R.G. / Gloster, T.M. / McMahon, S.A. / Oehler, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Dissecting the Mechanism of ( R )-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase by Kinetic Isotope Effects, Protein Crystallography, and Computational Chemistry.
著者: Machado, T.F.G. / Purg, M. / McMahon, S.A. / Read, B.J. / Oehler, V. / Aqvist, J. / Gloster, T.M. / da Silva, R.G.
履歴
登録2020年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
E: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
F: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,08418
ポリマ－165,4076
非ポリマー4,67712
水10,863603
1
A: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,50613
ポリマ－110,2714
非ポリマー3,2349
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16710 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
2
E: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
F: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

E: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
F: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,15710
ポリマ－110,2714
非ポリマー2,8866
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area16780 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area30040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.090, 109.230, 387.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-494-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量: 27567.816 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: A7M79_09600, BGC29_06470 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A1E3M3N6
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-QT8 / 3-oxidanylidenepentanoic acid / 3-oxovalerate / 3-オキソペンタン酸


分子量: 116.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% (v/w) PEG 4000, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M phosphate/citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→53.16 Å / Num. obs: 116141 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.825 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5746 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.776 / % possible all: 99.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292104382

解像度: 1.85→53.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.943 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2885 5828 5 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2314 110311 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.85 Å2 / Biso mean: 31.563 Å2 / Biso min: 7.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--3.49 Å20 Å2
3----3.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→53.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11175 0 532 625 12332
Biso mean--41.11 36.57 -
残基数----1547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01312008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01711189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.63916360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3351.5825957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90751575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.26524.989435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.088151916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6141526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022191
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 421 -
Rwork0.428 8040 -
all-8461 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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