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- PDB-6zz9: Crystal structure of CbpB from Streptococcus agalactiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zz9
タイトルCrystal structure of CbpB from Streptococcus agalactiae
要素CBS domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CBS / c-di-AMP
機能・相同性CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / : / CBS domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.644 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Covaleda-Cortes, G. / Kaminski, P.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: The c-di-AMP-binding protein CbpB modulates the level of ppGpp alarmone in Streptococcus agalactiae.
著者: Covaleda-Cortes, G. / Mechaly, A. / Brissac, T. / Baehre, H. / Devaux, L. / England, P. / Raynal, B. / Hoos, S. / Gominet, M. / Firon, A. / Trieu-Cuot, P. / Kaminski, P.A.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain-containing protein
B: CBS domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3757
ポリマ－39,6972
非ポリマー6785
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.61, 60.61, 190.47
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CBS domain-containing protein / FIG042801: CBS domain containing protein


分子量: 19848.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: ykuL, C6N06_01440, D5F95_08070, DX05_08405, E8E04_03435, F5F86_02645, NCTC9828_00932, WA02_02795, WA05_04310
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076YWK5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.5, 30% w/v PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0716 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.644→47.62 Å / Num. obs: 11037 / % possible obs: 98.94 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06712 / Rpim(I) all: 0.03644 / Rrim(I) all: 0.07653 / Net I/σ(I): 10.76
反射 シェル解像度: 2.644→2.739 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.346 / Num. unique obs: 1030 / CC1/2: 0.709 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.7379 / Rrim(I) all: 1.538 / % possible all: 96.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
AutoSol位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.644→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 1.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.586 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.321
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 551 -RANDOM
Rwork0.2331 ---
obs0.2341 11003 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.357 Å20 Å20 Å2
2---13.357 Å20 Å2
3---26.714 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.644→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2525 0 17 0 2542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0072589HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.893518HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d895SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes429HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2589HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion368SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1902SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.66
LS精密化 シェル解像度: 2.644→2.68 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4351 21 -
Rwork0.3025 --
obs--92.69 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.824-0.4223-2.22730-1.10083.430.01140.1423-0.12840.14230.04630.1058-0.12840.1058-0.05770.1488-0.1475-0.083-0.0113-0.0151-0.027728.643833.6122.275
20.8777-0.77081.49680.6128-1.12792.443-0.031-0.09170.4106-0.09170.0426-0.08430.4106-0.0843-0.01160.1356-0.152-0.0636-0.12520.04460.00629.942325.600219.8683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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