PDB-6zz9: Crystal structure of CbpB from Streptococcus agalactiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zz9

タイトル

Crystal structure of CbpB from Streptococcus agalactiae

要素

CBS domain-containing protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CBS / c-di-AMP

機能・相同性

: / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / : / Cyclic-di-AMP-binding protein CbpB

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.644 Å

データ登録者

Mechaly, A.E. / Covaleda-Cortes, G. / Kaminski, P.A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: The c-di-AMP-binding protein CbpB modulates the level of ppGpp alarmone in Streptococcus agalactiae.
著者: Covaleda-Cortes, G. / Mechaly, A. / Brissac, T. / Baehre, H. / Devaux, L. / England, P. / Raynal, B. / Hoos, S. / Gominet, M. / Firon, A. / Trieu-Cuot, P. / Kaminski, P.A.

履歴

登録	2020年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zz9.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zz9.ent.gz	110.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zz9_validation.pdf.gz	323.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zz9_full_validation.pdf.gz	326.5 KB	表示
XML形式データ	6zz9_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6zz9_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zzaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u32-d 1exc-2 4p0u-d 3u2y-d 5hb5-d 6ne6-d 3hi2-d 3gs9-d 2opk-d 6qva-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CBS domain-containing protein

B: CBS domain-containing protein

ヘテロ分子

40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.61, 60.61, 190.47
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	CBS domain-containing protein / FIG042801: CBS domain containing protein 分子量: 19848.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: ykuL, C6N06_01440, D5F95_08070, DX05_08405, E8E04_03435, F5F86_02645, NCTC9828_00932, WA02_02795, WA05_04310 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076YWK5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.5, 30% w/v PEG MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0716 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0716 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.644→47.62 Å / Num. obs: 11037 / % possible obs: 98.94 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06712 / R_pim(I) all: 0.03644 / R_rim(I) all: 0.07653 / Net I/σ(I): 10.76
反射シェル	解像度: 2.644→2.739 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 1.346 / Num. unique obs: 1030 / CC_1/2: 0.709 / CC star: 0.911 / R_pim(I) all: 0.7379 / R_rim(I) all: 1.538 / % possible all: 96.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
AutoSol		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.644→47.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 1.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.586 / SU R_free Blow DPI: 0.322 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.321

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2523	551	-	RANDOM
R_work	0.2331	-	-	-
obs	0.2341	11003	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 100.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.357 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.357 Å²	0 Å²
3-	-	-	26.714 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.644→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2525	0	17	0	2542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	2589	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.89	3518	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		895	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		429	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2589	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		368	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1902	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.66

LS精密化シェル

解像度: 2.644→2.68 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4351	21	-
R_work	0.3025	-	-
obs	-	-	92.69 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.824	-0.4223	-2.2273	0	-1.1008	3.43	0.0114	0.1423	-0.1284	0.1423	0.0463	0.1058	-0.1284	0.1058	-0.0577	0.1488	-0.1475	-0.083	-0.0113	-0.0151	-0.0277	28.6438	33.61	22.275
2	0.8777	-0.7708	1.4968	0.6128	-1.1279	2.443	-0.031	-0.0917	0.4106	-0.0917	0.0426	-0.0843	0.4106	-0.0843	-0.0116	0.1356	-0.152	-0.0636	-0.1252	0.0446	0.0062	9.9423	25.6002	19.8683

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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