PDB-6zz5: Structure of soluble SmhB of the tripartite alpha-pore forming to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zz5

タイトル

Structure of soluble SmhB of the tripartite alpha-pore forming toxin, Smh, from Serratia marcescens.

要素

SmhB

キーワード

TOXIN / Pore forming toxin / Bacterial toxin / Serratia marcescens

機能・相同性

Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / : / membrane / HBL/NHE enterotoxin family protein

機能・相同性情報

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Churchill-Angus, A.M. / Baker, P.J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Characterisation of a tripartite alpha-pore forming toxin from Serratia marcescens
著者: Churchill-Angus, A.M. / Schofield, T.H.B. / Marlow, T.R. / Sedelnikova, S.E. / Wilson, J.S. / Rafferty, J.B. / Baker, P.J.

履歴

登録	2020年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zz5.cif.gz	483.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zz5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zz5_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zz5_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	6zz5_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	6zz5_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zzhC 7a0gC 7a26C 7a27C 6grkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k1p-8 6grk-2 4k1p-3 4k1p-6 6zzh-2 4k1p-7 2xqn-d 6grk-1 4k1p-5 3liu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: SmhB

BBB: SmhB

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: SmhB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: SmhB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.940, 113.950, 130.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	SmhB / SmhB 分子量: 39376.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SmhB / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: BHU62_20105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q4NVM7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 280.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.17 M ammonium sulphate, 25.5 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→65.185 Å / Num. obs: 66582 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.84→1.87 Å / R_merge(I) obs: 1.214 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3207 / CC_1/2: 0.5 / R_pim(I) all: 0.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GRK

6grk

解像度: 1.84→65.185 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 7.039 / SU ML: 0.1 / Average fsc free: 0.9075 / Average fsc work: 0.9137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	3268	4.914 %
R_work	0.1872	63238	-
all	0.189	-	-
obs	-	66506	99.661 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.839 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.509 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.266 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.775 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→65.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5389	0	68	257	5714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.759	1.627	7609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.542	1.57	12240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.972	5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.939	23.62	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.555	15	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.156	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	4726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.391	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.329	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.13	1.405	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.115	1.405	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.592	2.082	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.596	2.083	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.34	1.981	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.34	1.982	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.001	2.73	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8	2.731	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.513	18.462	6517
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.512	18.469	6518
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.142	0.05	10892

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.84-1.888	0.334	230	0.305	4562	0.307	4899	0.728	0.733	97.8159	0.309
1.888-1.939	0.329	211	0.283	4460	0.285	4703	0.784	0.799	99.3196	0.285
1.939-1.996	0.289	220	0.257	4362	0.258	4592	0.842	0.846	99.7822	0.255
1.996-2.057	0.266	204	0.228	4264	0.23	4492	0.892	0.889	99.4657	0.221
2.057-2.124	0.221	213	0.208	4169	0.208	4399	0.917	0.919	99.6135	0.196
2.124-2.199	0.22	231	0.186	3954	0.187	4190	0.932	0.937	99.8807	0.172
2.199-2.282	0.208	210	0.161	3856	0.163	4070	0.941	0.954	99.9017	0.145
2.282-2.375	0.212	192	0.167	3739	0.17	3935	0.937	0.951	99.8984	0.151
2.375-2.48	0.2	188	0.158	3575	0.16	3767	0.946	0.956	99.8938	0.143
2.48-2.601	0.237	173	0.165	3423	0.168	3598	0.935	0.95	99.9444	0.15
2.601-2.742	0.198	183	0.164	3257	0.166	3440	0.952	0.956	100	0.147
2.742-2.908	0.212	179	0.165	3116	0.167	3295	0.947	0.957	100	0.15
2.908-3.108	0.205	153	0.168	2917	0.17	3070	0.953	0.955	100	0.158
3.108-3.356	0.216	145	0.187	2735	0.188	2882	0.94	0.953	99.9306	0.177
3.356-3.676	0.256	126	0.19	2534	0.193	2662	0.934	0.955	99.9249	0.185
3.676-4.108	0.206	116	0.178	2294	0.179	2410	0.955	0.963	100	0.177
4.108-4.74	0.172	99	0.15	2045	0.151	2147	0.966	0.972	99.8603	0.154
4.74-5.798	0.228	86	0.197	1750	0.199	1838	0.955	0.963	99.8912	0.203
5.798-8.167	0.249	70	0.197	1395	0.2	1465	0.963	0.972	100	0.203
8.167-65.185	0.199	39	0.22	831	0.219	877	0.984	0.979	99.2018	0.275

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4275	-0.1343	0.0102	1.9789	0.1745	0.3418	0.0107	0.0113	0.0451	0.0614	-0.0252	0.0292	-0.0419	-0.0217	0.0144	0.0832	0.005	0.0016	0.0576	-0.0099	0.0078	-3.1793	16.8029	-11.9582
2	0.575	0.5469	-0.1685	1.2631	-0.2998	0.2876	-0.0031	0.0162	0.0033	-0.0197	-0.0126	-0.0788	0.0098	0.053	0.0157	0.1097	0.0177	0.0017	0.0641	-0.0033	0.0432	17.4242	11.3975	-39.823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	2 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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