PDB-6zz2: Cocktail experiment E: fragments 52, 58, and 63 at 90 mM concentr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zz2

タイトル

Cocktail experiment E: fragments 52, 58, and 63 at 90 mM concentration in complex with Endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / aspartic protease / monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14885439131 Å

データ登録者

Hassaan, E. / Klebe, G. / Heine, A. / Schiebel, J. / Koester, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cocktail experiment E: fragments 52, 58, and 63 at 90 mM concentration in complex with Endothiapepsin
著者: Hassaan, E. / Klebe, G. / Heine, A. / Schiebel, J. / Koester, H. / Softley, C. / Sattler, M.

履歴

登録	2020年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zz2.cif.gz	239.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zz2.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zz2_validation.pdf.gz	353.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zz2_full_validation.pdf.gz	353.4 KB	表示
XML形式データ	6zz2_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6zz2_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dq4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5rcy-d 5p2g-d 4y4a-d 4yd4-d 5dpz-d 1oex-d 5r30-d 5re3-d 5rdf-d 5rdk-d 5rdz-d 5p42-d 4er4-d 4y35-d 5p1k-d 5qbj-d 5r21-d 5p7c-d 5p81-d 5is4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.401, 73.178, 52.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.762, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-F63 / N-methyl-1-[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methanamine 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.34 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.148→41.034 Å / Num. obs: 114661 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 10.2714223387 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.15→1.22 Å / Num. unique obs: 18351 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DQ4

5dq4

解像度: 1.14885439131→41.0334966108 Å / SU ML: 0.0983158818139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36387254305 / 位相誤差: 12.8187442903
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.144551258568	5733	5.00026165681 %
R_work	0.126590205409	108921	-
obs	0.127491596249	114654	99.628091274 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.9693194313 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14885439131→41.0334966108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2372	0	37	315	2724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00735224508321	2536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01969804243	3484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082051223726	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00760725295564	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5161168647	838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1489-1.1619	0.216957225738	181	0.224825188429	3439	X-RAY DIFFRACTION	93.7095521615
1.1619-1.1756	0.248080877846	189	0.201666020748	3596	X-RAY DIFFRACTION	99.8680738786
1.1756-1.1899	0.211119829047	191	0.194551405032	3633	X-RAY DIFFRACTION	99.9216096159
1.1899-1.205	0.220341058461	192	0.184068131884	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.9219156689
1.205-1.2208	0.213649976367	190	0.176915847059	3614	X-RAY DIFFRACTION	99.7901364113
1.2208-1.2376	0.224903358186	191	0.176594804544	3619	X-RAY DIFFRACTION	99.6599529166
1.2376-1.2552	0.215553395728	191	0.164526557246	3633	X-RAY DIFFRACTION	99.7131681877
1.2552-1.274	0.165574532223	189	0.157825449314	3597	X-RAY DIFFRACTION	99.7891407486
1.274-1.2939	0.179569040195	193	0.145597379598	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.8183233844
1.2939-1.3151	0.169924375229	189	0.140741954115	3603	X-RAY DIFFRACTION	99.894625922
1.3151-1.3378	0.140876202656	192	0.13890615783	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.9479302265
1.3378-1.3621	0.170830294422	191	0.132051909003	3624	X-RAY DIFFRACTION	99.9476028294
1.3621-1.3883	0.162452921506	192	0.13059452784	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.8441963126
1.3883-1.4166	0.150893197792	192	0.110057329065	3643	X-RAY DIFFRACTION	99.8958061995
1.4166-1.4475	0.117565320994	188	0.106659821908	3582	X-RAY DIFFRACTION	99.6827075621
1.4475-1.4811	0.130532242046	191	0.0991008659492	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.8428496595
1.4811-1.5182	0.121863883553	192	0.0986196105381	3651	X-RAY DIFFRACTION	99.9219968799
1.5182-1.5592	0.125236711893	192	0.0937673043056	3642	X-RAY DIFFRACTION	99.9218139171
1.5592-1.6051	0.113955812088	191	0.0929594608174	3638	X-RAY DIFFRACTION	99.8175182482
1.6051-1.6569	0.119793935245	191	0.095116128896	3623	X-RAY DIFFRACTION	99.9737876802
1.6569-1.7161	0.129919789066	192	0.0968658924954	3651	X-RAY DIFFRACTION	99.896022875
1.7161-1.7848	0.123172069552	192	0.0977749430451	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.9220576773
1.7848-1.8661	0.126511894321	192	0.102110346984	3631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8661-1.9645	0.115652384225	192	0.100305965407	3664	X-RAY DIFFRACTION	99.9740731138
1.9645-2.0875	0.122596559205	191	0.0994646144781	3630	X-RAY DIFFRACTION	99.9215481172
2.0875-2.2487	0.116213567091	193	0.104175365127	3650	X-RAY DIFFRACTION	99.7663551402
2.2487-2.475	0.121670793466	191	0.11294526635	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.6359854394
2.475-2.833	0.141927452786	193	0.123370642092	3664	X-RAY DIFFRACTION	99.7156153051
2.833-3.569	0.147430295926	193	0.134685842783	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.8447606727
3.569-41	0.167276704133	196	0.165890563755	3712	X-RAY DIFFRACTION	99.5161701044

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