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- PDB-6zz2: Cocktail experiment E: fragments 52, 58, and 63 at 90 mM concentr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zz2 | ||||||
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Title | Cocktail experiment E: fragments 52, 58, and 63 at 90 mM concentration in complex with Endothiapepsin | ||||||
![]() | Endothiapepsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / aspartic protease / monomer | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hassaan, E. / Klebe, G. / Heine, A. / Schiebel, J. / Koester, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Cocktail experiment E: fragments 52, 58, and 63 at 90 mM concentration in complex with Endothiapepsin Authors: Hassaan, E. / Klebe, G. / Heine, A. / Schiebel, J. / Koester, H. / Softley, C. / Sattler, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 239.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 157.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 353.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 353.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dq4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43278.664 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() References: UniProt: P11838, endothiapepsin | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-F63 / | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.148→41.034 Å / Num. obs: 114661 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 10.2714223387 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.15→1.22 Å / Num. unique obs: 18351 / CC1/2: 0.768 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5DQ4 Resolution: 1.14885439131→41.0334966108 Å / SU ML: 0.0983158818139 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36387254305 / Phase error: 12.8187442903 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.9693194313 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.14885439131→41.0334966108 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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