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- PDB-6zz1: Crystal structure of MLKL executioner domain in complex with a co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zz1
タイトルCrystal structure of MLKL executioner domain in complex with a covalent inhibitor
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Necroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRP channels / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QOK / Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Fiegen, D. / Bauer, M. / Nar, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Locking mixed-lineage kinase domain-like protein in its auto-inhibited state prevents necroptosis.
著者: Rubbelke, M. / Fiegen, D. / Bauer, M. / Binder, F. / Hamilton, J. / King, J. / Thamm, S. / Nar, H. / Zeeb, M.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8214
ポリマ－35,2852
非ポリマー5372
水2,774154
1
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9112
ポリマ－17,6421
非ポリマー2681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9112
ポリマ－17,6421
非ポリマー2681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.709, 56.709, 90.501
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 17642.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB16
#2: 化合物 ChemComp-QOK / 7-(2-methoxyethoxymethyl)-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione


分子量: 268.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32 % Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, 0.1 M TRIS, pH 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99994 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→19.705 Å / Num. obs: 28984 / % possible obs: 82.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.64→1.746 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1449 / Rsym value: 0.797 / % possible all: 24.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ削減
XDSJan 31, 202データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
DIMPLE位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4btf

4btf


解像度: 1.64→20.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 1501 -RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1983 28985 82.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1109 Å20 Å20 Å2
2---0.1109 Å20 Å2
3---0.2219 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→20.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2304 0 38 154 2496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012415HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.93235HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d931SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes449HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2373HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion298SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2141SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.8
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.7 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1848 36 -
Rwork0.2184 --
obs0.2162 580 15.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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