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- PDB-6zy1: Catabolic reductive dehalogenase NpRdhA, N-terminally tagged in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zy1
タイトルCatabolic reductive dehalogenase NpRdhA, N-terminally tagged in complex with 3-bromo-4-hydroxybenzoic acid
要素Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductive dehalogenase / B12 / iron-sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reductive dehalogenase subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / 3 bromo 4 hydroxybenzoic acid / IRON/SULFUR CLUSTER / Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratireductor pacificus pht-3B (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Leys, D. / Halliwell, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M007316/1 英国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2020
タイトル: Catabolic Reductive Dehalogenase Substrate Complex Structures Underpin Rational Repurposing of Substrate Scope.
著者: Halliwell, T. / Fisher, K. / Payne, K.A.P. / Rigby, S.E.J. / Leys, D.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,98918
ポリマ－239,1683
非ポリマー6,82115
水20,9871165
1
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9966
ポリマ－79,7231
非ポリマー2,2745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9966
ポリマ－79,7231
非ポリマー2,2745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9966
ポリマ－79,7231
非ポリマー2,2745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.871, 170.104, 107.651
Angle α, β, γ (deg.)90, 98.35, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein


分子量: 79722.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratireductor pacificus pht-3B (バクテリア)
遺伝子: NA2_14372 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: K2MB66

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非ポリマー , 5種, 1180分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-QSB / 3 bromo 4 hydroxybenzoic acid / 3-bromanyl-4-oxidanyl-benzoic acid / 3-ブロモ-4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 217.017 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5BrO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), 0.2 M sodium nitrate and 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→106.5 Å / Num. obs: 112327 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5617 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 0.827 / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6ZXU

6zxu


解像度: 1.99→106 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 --
Rwork0.177 --
obs-112327 94 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15836 0 357 1165 17358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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