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万見
- PDB-6zxy: Structure of Archaeoglobus fulgidus Trm11 m2G10 tRNA methyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxy
タイトルStructure of Archaeoglobus fulgidus Trm11 m2G10 tRNA methyltransferase enzyme
要素tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA modifications / Epitranscriptomics / Methyltransferase / Heterodimeric enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine(10)-N2)-dimethyltransferase activity / tRNA (guanine10-N2)-dimethyltransferase / tRNA (guanine(10)-N2)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA guanine(10)-N2-dimethyltransferase / : / Uncharacterized protein family UPF0020 signature. / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (guanine(10)-N(2))-dimethyltransferase / tRNA (guanine(10)-N2)-dimethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Graille, M. / Wang, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res.
タイトル: Functional and structural characterization of the Trm11-Trm112 m2G10 tRNA methyltransferase complex
著者: Wang, C. / Tran, N.V. / Jactel, V. / Guerineau, V. / Graille, M.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9952
ポリマ－38,9331
非ポリマー621
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.134, 73.134, 155.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase


分子量: 38932.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD40_1676, XD48_1558
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A117KU88, UniProt: O29011*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 6, 18% PEG 4k, 20% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 11597 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 1808 / CC1/2: 0.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZXV

6zxv


解像度: 2.75→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.845 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.333
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 580 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 11597 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.1 Å2 / Biso mean: 80.21 Å2 / Biso min: 45.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3604 Å20 Å20 Å2
2--3.3604 Å20 Å2
3----6.7209 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 4 6 2603
Biso mean--114.42 63.19 -
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d975SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes451HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2667HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion330SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2934SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2667HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3593HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.83
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.78 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 20 5 %
Rwork0.304 380 -
all0.3015 400 -
obs--94.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2776 Å / Origin y: 6.1892 Å / Origin z: 32.0245 Å
111213212223313233
T-0.1692 Å20.035 Å20.0947 Å2--0.1257 Å20.0787 Å2---0.1598 Å2
L3.1334 °2-0.9958 °21.2891 °2-1.5603 °2-0.1202 °2--1.7259 °2
S-0.0848 Å °-0.1774 Å °0.0653 Å °-0.24 Å °0.0665 Å °-0.0778 Å °0.0707 Å °0.1931 Å °0.0184 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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