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- PDB-6zxx: Catabolic reductive dehalogenase NpRdhA, N-terminally tagged. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxx
タイトルCatabolic reductive dehalogenase NpRdhA, N-terminally tagged.
要素Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductive dehalogenase / B12 / iron-sulfur
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reductive dehalogenase subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / BROMIDE ION / 3 bromo 4 hydroxybenzoic acid / 3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-benzoic acid / IRON/SULFUR CLUSTER / Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratireductor pacificus pht-3B (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Leys, D. / Halliwell, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M007316/1 英国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2020
タイトル: Catabolic Reductive Dehalogenase Substrate Complex Structures Underpin Rational Repurposing of Substrate Scope.
著者: Halliwell, T. / Fisher, K. / Payne, K.A.P. / Rigby, S.E.J. / Leys, D.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,11624
ポリマ－239,1683
非ポリマー7,94821
水13,475748
1
A: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3728
ポリマ－79,7231
非ポリマー2,6497
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3728
ポリマ－79,7231
非ポリマー2,6497
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3728
ポリマ－79,7231
非ポリマー2,6497
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.182, 170.391, 107.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 701
2010B0 - 699
1020A0 - 699
2020C0 - 697
1030B0 - 697
2030C0 - 697

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Oxidoreductase, NAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein


分子量: 79722.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratireductor pacificus pht-3B (バクテリア)
遺伝子: NA2_14372 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: K2MB66

-
非ポリマー , 7種, 769分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-QSH / 3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-benzoic acid / 3,5-ジブロモ-4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 295.913 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4Br2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-QSB / 3 bromo 4 hydroxybenzoic acid / 3-bromanyl-4-oxidanyl-benzoic acid / 3-ブロモ-4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 217.017 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5BrO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 8.5), 0.2 M sodium nitrate and 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→123.05 Å / Num. obs: 102481 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.26 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 5124 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 0.886 / % possible all: 75.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6ZXU

6zxu


解像度: 1.99→106.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.098 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 5033 4.9 %RANDOM
Rwork0.18201 ---
obs0.18378 97449 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0 Å2-0.08 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→106.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15770 0 396 748 16914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01916601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0215517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8662.00122639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.481335564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26252096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13322.684719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.844152565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.80215174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02119096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A41356
12B41356
21A39930
22C39930
31B39810
32C39810
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.038 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 9 -
Rwork0.306 109 -
obs--75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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