PDB-6zxm: Diguanylate cyclase DgcR in complex with c-di-GMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zxm

タイトル

Diguanylate cyclase DgcR in complex with c-di-GMP

要素

Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GGDEF domain / receiver domain / Rec / c-di-GMP / Leptospira

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 '

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Teixeira, R.D. / Schirmer, T.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Activation mechanism of a small prototypic Rec-GGDEF diguanylate cyclase.
著者: Teixeira, R.D. / Holzschuh, F. / Schirmer, T.

履歴

登録	2020年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zxm.cif.gz	747.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zxm.ent.gz	622.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zxm_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zxm_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	6zxm_validation.xml.gz	73.3 KB	表示
CIF形式データ	6zxm_validation.cif.gz	94.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zxbC 6zxcC 2v0nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wty-2 1db3-1 5hyi-1 3qu2-4 3qu2-3 6e7o-d 2v7e-d 4kfr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (5)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

B: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

C: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

D: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

E: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

F: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

ヘテロ分子

225 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

B: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

D: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

F: Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.603, 72.917, 125.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 298 / Label seq-ID: 26 - 318

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.617158594349, -0.127358896514, -0.776463122692), (0.028079783246, -0.989749816698, 0.140024376875), (-0.786337583481, 0.0646143314232, 0.614408815839)	-102.750811454, 16.9702022784, -51.5885276343
2	given	(-0.260155190792, 0.377615444054, 0.888665208679), (-0.125982092902, -0.925763205469, 0.356498246373), (0.957312795784, -0.019211033577, 0.288414887301)	74.3270476237, 22.0905359503, 19.5837799678
3	given	(-0.498826588395, -0.158827114604, 0.852024637189), (-0.238353396079, 0.970298732116, 0.0413283078806), (-0.833282481088, -0.182467306993, -0.521867788421)	63.9846226678, -10.374314488, -89.9685647153
4	given	(0.982447782092, -0.185455031529, -0.0200695476688), (-0.183590743272, -0.980362806944, 0.0719944841373), (-0.0330271774122, -0.0670462380898, -0.997203092409)	1.39306274777, 1.27651345965, -53.7501981614
5	given	(-0.591413969835, 0.0786547227567, -0.802522866261), (0.15675643381, 0.987459476713, -0.0187403924235), (0.790984789198, -0.136883952446, -0.596326963016)	-101.012029412, -2.09913596968, -0.453965074195

#1: タンパク質	Putative GGDEF/response regulator receiver domain protein 分子量: 36091.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Paris)' (バクテリア) 株: Paris / 遺伝子: LEPBI_p0053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0SUI1
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate; 0.1 M Tris pH 7.5; 25% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→48 Å / Num. obs: 28038 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.78 % / B_iso Wilson estimate: 74 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.75
反射シェル	解像度: 3.3→3.4 Å / R_merge(I) obs: 0.682 / Num. unique obs: 1877 / % possible all: 91.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V0N

2v0n

解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 98.502 / SU ML: 0.684 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.728 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.299	1503	5.1 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.228	28038	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 219.75 Å² / B_iso mean: 90.38 Å² / B_iso min: 44.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.99 Å²	0 Å²	0.99 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14070	0	558	0	14628
B_iso mean	-	-	79.54	-	-
残基数	-	-	-	-	1758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	14921
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	14163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.988	1.643	20211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.225	1.586	32676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.603	5	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.523	22.197	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.542	15	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.326	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	16349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9302	0.09
1	2	B	9302	0.09
2	1	A	9358	0.09
2	2	C	9358	0.09
3	1	A	9224	0.09
3	2	D	9224	0.09
4	1	A	9277	0.09
4	2	E	9277	0.09
5	1	A	9346	0.09
5	2	F	9346	0.09
6	1	B	9336	0.09
6	2	C	9336	0.09
7	1	B	9381	0.08
7	2	D	9381	0.08
8	1	B	9421	0.08
8	2	E	9421	0.08
9	1	B	9325	0.1
9	2	F	9325	0.1
10	1	C	9322	0.09
10	2	D	9322	0.09
11	1	C	9387	0.08
11	2	E	9387	0.08
12	1	C	9402	0.09
12	2	F	9402	0.09
13	1	D	9426	0.08
13	2	E	9426	0.08
14	1	D	9261	0.1
14	2	F	9261	0.1
15	1	E	9358	0.09
15	2	F	9358	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.39 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	100	-
R_work	0.309	1877	-
all	-	1977	-
obs	-	-	91.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1292	-3.5936	0.5275	3.9542	0.0709	1.8719	-0.3105	0.2519	-0.1952	-0.0935	-0.2571	0.6502	0.1087	-0.3331	0.5676	0.64	-0.0802	0.1579	1.2203	-0.1206	0.5579	-50.981	13.597	-50.152
2	2.1213	-1.5868	-1.3236	6.4417	-0.6058	1.7001	-0.344	-0.1461	-0.0777	1.1721	0.1423	-0.4529	0.4346	-0.0039	0.2017	0.9258	-0.087	0.0298	1.0443	0.0411	0.3718	-35.658	-4.278	-39.996
3	4.8389	-0.5179	-1.3596	4.3095	2.1609	3.7773	-0.3228	0.553	0.0653	-0.7065	0.3766	-0.0443	-0.1009	-0.393	-0.0539	0.5824	-0.0424	0.1727	1.178	-0.023	0.425	45.415	-1.907	-44.78
4	4.353	0.493	0.1853	6.1984	0.6722	1.3613	0.1962	-0.7336	0.8049	1.0929	0.1242	-0.6749	-0.6348	0.2664	-0.3204	1.0098	-0.1105	0.3218	1.3348	-0.1454	0.7254	48.451	13.573	-25.161
5	3.957	1.6365	-0.4866	1.3301	-0.0358	0.1755	0.1608	-0.0147	0.7436	0.3096	-0.2091	1.1395	0.1699	-0.3392	0.0483	1.3022	-0.1398	-0.0899	1.4257	-0.1617	1.3518	-51.06	-5.822	-4.761
6	0.9311	2.2466	-0.3009	7.0289	-0.8997	0.1776	-0.2706	0.2346	0.1591	-1.2988	0.3523	0.0064	0.2523	0.1643	-0.0817	1.1664	-0.0111	-0.1174	1.071	-0.0036	0.5705	-29.295	3.956	-12.776
7	5.8528	0.736	-0.7193	0.5068	0.046	1.285	0.2021	0.081	-0.0835	-0.0064	-0.1145	0.0916	-0.3066	-0.1819	-0.0876	0.2878	0.0809	-0.0257	0.7278	-0.0015	0.1258	-40.354	-0.357	-84.464
8	4.7418	-0.3907	0.3656	0.8048	-0.2613	4.1587	0.1084	-0.3986	-0.0632	0.1264	-0.0759	0.0429	-0.0637	0.0858	-0.0325	0.1815	-0.0071	0.1279	0.7099	0.0143	0.0997	-11.304	4.09	-72.778
9	2.8861	1.2335	-2.2732	3.6082	-2.0576	5.4486	-0.0015	0.202	0.0028	-0.2659	0.1513	-0.1317	0.1943	0.1097	-0.1498	0.349	0.1251	0.0288	0.7056	0.0051	0.0389	11.581	-2.562	-42.937
10	3.1952	0.3473	0.8859	1.6259	-0.4922	5.1194	0.1714	-0.1142	0.3882	0.1513	0.0071	0.0796	0.007	0.1797	-0.1785	0.3048	0.0987	0.1231	0.6396	-0.0724	0.1101	9.596	-5.253	-11.387
11	5.1601	-0.2829	0.287	0.9291	-0.3911	3.5319	0.079	-0.1465	0.0499	-0.2	-0.0144	-0.0341	0.2612	-0.2197	-0.0646	0.189	-0.0604	0.0865	0.7257	0.0335	0.0593	-35.846	2.763	32.914
12	1.817	-0.0812	0.2017	0.5806	1.5025	5.7632	0.0404	0.052	-0.148	-0.101	0.0038	0.0282	0.3737	0.0464	-0.0443	0.3187	0.0417	0.0545	0.6335	0.0757	0.1244	-9.653	-7.053	18.069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	303
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	303
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	303
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 130
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	303
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	303
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	6 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	303
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	131 - 298
14	X-RAY DIFFRACTION	7	A	301
15	X-RAY DIFFRACTION	8	B	131 - 298
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	301
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	131 - 298
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	301
19	X-RAY DIFFRACTION	10	D	131 - 298
20	X-RAY DIFFRACTION	10	D	301
21	X-RAY DIFFRACTION	11	E	131 - 298
22	X-RAY DIFFRACTION	11	E	301
23	X-RAY DIFFRACTION	12	F	131 - 298
24	X-RAY DIFFRACTION	12	F	301

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)