[日本語] English
万見
- PDB-6zw0: Connectase MJ0548 from Methanocaldococcus jannaschii in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zw0
タイトルConnectase MJ0548 from Methanocaldococcus jannaschii in complex with an MtrA-derived peptide
要素
  • Connectase MJ0548
  • Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
キーワードLIGASE / Protein Ligase / Transpeptidase / Methanogenesis / Proteasome Homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydromethanopterin S-methyltransferase activity / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / methanogenesis, from carbon dioxide / sodium ion transport / cobalt ion binding / one-carbon metabolic process / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP019262 / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2121) / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A, MtrA / Methyltransferase MtrA/MtxA / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase, subunit A
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QRE / Uncharacterized protein MJ0548 / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Fuchs, A.C.D. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Archaeal Connectase is a specific and efficient protein ligase related to proteasome beta subunits.
著者: Fuchs, A.C.D. / Ammelburg, M. / Martin, J. / Schmitz, R.A. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Connectase MJ0548
B: Connectase MJ0548
C: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
D: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1796
ポリマ－76,1344
非ポリマー1,0452
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.242, 98.500, 109.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13C
23D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 209
2111B1 - 209
1121A210 - 999
2121B210 - 999
1131C1 - 209
2131D1 - 209

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999972, -0.007055, -0.002695), (0.007159, -0.99914, -0.04085), (-0.002404, -0.040868, 0.999162)35.78717, -27.061741, -0.57356
3given(1), (1), (1)
4given(-0.999425, 0.032125, -0.010875), (-0.03138, -0.997529, -0.062855), (-0.012867, -0.062478, 0.997963)36.277851, -26.025419, -0.35878
5given(1), (1), (1)
6given(-0.999996, -0.002951, 0.000255), (0.002939, -0.999233, -0.039039), (0.00037, -0.039038, 0.999238)35.74596, -27.007641, -0.69009

-
要素

#1: タンパク質 Connectase MJ0548


分子量: 34762.328 Da / 分子数: 2 / 変異: S1A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His tag
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57968
#2: タンパク質・ペプチド Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / N5-methyltetrahydromethanopterin--coenzyme M methyltransferase subunit A


分子量: 3304.739 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: N-terminal FITC fluorophore linked via aminohexanoic acid
由来: (合成) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
参照: UniProt: Q58261, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-QRE / 2-[3,6-bis(oxidanyl)-9~{H}-xanthen-9-yl]-5-[(6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexyl)carbamothioylamino]benzoic acid


分子量: 522.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26N2O7S
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium cacodylate, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→49.25 Å / Num. obs: 15370 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.164 % / Biso Wilson estimate: 62.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 10.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.05-3.245.890.9931.8114277243824240.8531.08999.4
3.24-3.466.4350.5593.414640227822750.9480.60899.9
3.46-3.736.440.2955.8613898216021580.9840.32199.9
3.73-4.096.1950.2088.1612297199119850.9870.22799.7
4.09-4.576.1470.1113.2611107181218070.9960.1299.7
4.57-5.266.3620.08816.7910166160415980.9980.09599.6
5.26-6.435.8460.09115.288050138213770.9960.199.6
6.43-9.026.1880.05523.126745109310900.9990.0699.7
9.02-49.255.4250.03136.4635596716560.9990.03597.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZVZ

6zvz


解像度: 3.05→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 68.114 / SU ML: 0.521 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 769 5 %RANDOM
Rwork0.2543 ---
obs0.2562 14598 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 207.04 Å2 / Biso mean: 92.717 Å2 / Biso min: 42.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.18 Å20 Å2-0 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3---4.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5264 0 58 0 5322
Biso mean--98.03 --
残基数----650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0195407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8691.9897250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63312520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8495646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93325.041246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.183151104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1731528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021146
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A34931.57
2A14273.17
3C4082.37
LS精密化 シェル解像度: 3.051→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 56 -
Rwork0.392 1053 -
all-1109 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6096-1.3633-0.77424.44220.92632.4494-0.2274-1.26860.06360.38530.1215-0.3837-0.37450.28580.10590.1777-0.01870.02760.20670.00840.3121-4.9333-2.521135.2169
27.5139-1.70541.06584.9723-0.71182.049-0.2163-0.92650.00960.5150.08070.52040.3704-0.27120.13560.1987-0.0307-0.01430.132-0.00930.434640.8112-25.696134.8725
310.1963-3.3152-4.9436.82034.48149.9525-0.07871.815-0.4411-0.65810.1098-0.1240.46981.0149-0.03110.45120.14980.03461.0836-0.01190.412334.5795-26.55315.1935
410.1189-0.18374.24014.7675-1.912211.7824-0.38571.21690.8002-0.74120.19980.2452-1.3139-1.42080.18590.52030.2309-0.06770.84210.04360.38151.64050.12395.5885
56.0762-1.53920.79620.42610.05494.9171-0.0123-0.1991-0.1146-0.01-0.05930.00150.04210.07660.07160.6230.1210.01990.6120.07030.713117.9083-14.0931.9005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION1C14 - 30
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 208
4X-RAY DIFFRACTION2D14 - 30
5X-RAY DIFFRACTION3A209 - 294
6X-RAY DIFFRACTION4B209 - 294
7X-RAY DIFFRACTION5C5 - 13
8X-RAY DIFFRACTION5D5 - 13

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る