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万見
- PDB-6zv9: Terbium(III)-bound de novo TIM barrel-ferredoxin fold fusion dime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zv9
タイトルTerbium(III)-bound de novo TIM barrel-ferredoxin fold fusion dimer with 4-glutamate binding site and tryptophan antenna (TFD-EE N6W)
要素TFD-EE
キーワードDE NOVO PROTEIN / Lanthanide-binding protein
機能・相同性TERBIUM(III) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Caldwell, S. / Haydon, I. / Piperidou, N. / Huang, P. / Hilvert, D. / Baker, D. / Zeymer, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationPZ00P2_179887 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Tight and specific lanthanide binding in a de novo TIM barrel with a large internal cavity designed by symmetric domain fusion.
著者: Caldwell, S.J. / Haydon, I.C. / Piperidou, N. / Huang, P.S. / Bick, M.J. / Sjostrom, H.S. / Hilvert, D. / Baker, D. / Zeymer, C.
履歴
登録2020年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TFD-EE
B: TFD-EE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0354
ポリマ－37,8142
非ポリマー2212
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.970, 56.470, 71.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TFD-EE


分子量: 18906.947 Da / 分子数: 2 / 変異: N6W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first four amino acids (GAMG) are not part of the de novo designed sequence, but a results of the cloning and purification strategy. They are thus numbered -3, -2, -1, 0.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % PEG 4000, and 10 % iso-propanol, containing Gly3 as an additive

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 56427 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.06 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 13.12
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 8189 / CC1/2: 0.845 / Rrim(I) all: 0.697 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Single domain Rosetta models

解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 9.792 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 1463 5 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1958 27802 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.69 Å2 / Biso mean: 47.312 Å2 / Biso min: 22.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å20.92 Å2
2---3.53 Å2-0 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2595 0 5 44 2644
Biso mean--30.28 42.83 -
残基数----335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.6283519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11.5896171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8195335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.38723.083133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03215537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2771520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.73935291
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 108 -
Rwork0.318 2048 -
all-2156 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0962-0.0189-0.02410.08880.05670.0432-0.00540.03520.0137-0.00270.00630.00280.00960.014-0.00080.0523-0.0004-0.00820.07880.00730.005823.7004-13.326819.0687
20.3425-0.1018-0.05680.05340.05120.06190.00330.0566-0.01680.0121-0.02860.01910.0134-0.01880.02530.0550.0001-0.00290.0817-0.0020.0136.6976-12.104817.1349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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