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- PDB-6zup: Psychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zup
タイトルPsychrophilic aromatic amino acids aminotransferase from Psychrobacter sp. B6 cocrystalized with substrate analog - L-(-)-3-phenyllactic acid
要素Aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / psychrophilic / aminotranasferase / cold-adapted / enzyme / complex / phenyllactic acid / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-HYDROXY-BETA-PHENYL-PROPIONIC ACID / NITRATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bujacz, A. / Rum, J. / Rutkiewicz, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Bujacz, G.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2016/21/B/ST5/00555 ポーランド
引用
ジャーナル: Materials (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Evidence of Active Site Adaptability towards Different Sized Substrates of Aromatic Amino Acid Aminotransferase from Psychrobacter Sp. B6.
著者: Bujacz, A. / Rum, J. / Rutkiewicz, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Bujacz, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Crystal structure and enzymatic properties of a broad substrate-specificity psychrophilic aminotransferase from the Antarctic soil bacterium Psychrobacter sp. B6.
著者: Bujacz, A. / Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Nowakowska-Sapota, K. / Turkiewicz, M.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aminotransferase
A: Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,49711
ポリマ－88,3982
非ポリマー1,0999
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.390, 60.390, 81.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Aminotransferase


分子量: 44199.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychrobacter sp. B6 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C7E5X4, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 88分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-HFA / ALPHA-HYDROXY-BETA-PHENYL-PROPIONIC ACID / 3-フェニル乳酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 166.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M MgNO3, 20% PEG 2000, HEPES pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→79.84 Å / Num. obs: 23715 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.35 % / Biso Wilson estimate: 65.53 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 8.29 / Num. measured all: 79436
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.643.2211.3560.8611992387137230.4181.62696.2
2.64-2.833.3070.8081.4611855359735850.6830.96799.7
2.83-3.053.5670.4992.5411926335733430.8530.58799.6
3.05-3.343.5110.2854.2810932312531140.9440.33699.6
3.34-3.733.3290.1467.69282280327880.9830.17599.5
3.73-4.313.1740.07413.77863249624770.9930.08999.2
4.31-5.263.4940.0520.527316211420940.9960.05999.1
5.26-7.43.1910.04322.045230166916390.9970.05298.2
7.4-79.843.1930.0333.8630409719520.9980.03698

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RKC

4rkc


解像度: 2.5→79.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 38.538 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 967 4.1 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.2007 22687 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.3 Å2 / Biso mean: 70.45 Å2 / Biso min: 39.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.61 Å2-0 Å20.11 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→79.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 72 79 6353
Biso mean--80.43 64.38 -
残基数----796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.928677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.735794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17624.384292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.543151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3061536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214902
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 78 -
Rwork0.388 1653 -
all-1731 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92470.32020.18740.73310.42380.2682-0.0496-0.110.2345-0.19340.01910.0771-0.08650.06930.03050.1719-0.02330.07010.2978-0.05350.222536.501611.950614.0697
21.56820.1390.22360.08250.08160.91370.0238-0.7583-0.2645-0.10030.0025-0.029-0.04980.0554-0.02630.1576-0.04250.01310.65360.09370.2343.8317-2.240331.5528
31.24420.4698-0.12161.20420.31480.52810.0136-0.23560.1066-0.04680.1014-0.1572-0.07290.2191-0.1150.0598-0.03420.03450.3507-0.14930.272752.955417.361320.0852
41.05970.7307-0.14580.5482-0.0690.0517-0.0316-0.1092-0.2675-0.1048-0.0873-0.1454-0.03690.01470.11880.1979-0.0680.02970.3429-0.00280.317826.3056-12.414211.1907
51.15210.0389-0.49950.78910.08580.43570.0193-0.20650.0389-0.0884-0.03020.0043-0.0469-0.08380.01080.07320.01120.00820.4163-0.01740.22910.60832.657320.7832
60.73930.5237-0.51792.0105-0.00650.5171-0.06880.13110.0224-0.0642-0.01410.15630.1327-0.14160.08290.1522-0.0698-0.00290.3377-0.01090.19839.2839-17.6517.0134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3A288 - 398
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5B67 - 287
6X-RAY DIFFRACTION6B288 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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