[日本語] English
万見
- PDB-6zt3: N-terminal 47 kDa fragment of the Mycobacterium smegmatis DNA Gyr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zt3
タイトルN-terminal 47 kDa fragment of the Mycobacterium smegmatis DNA Gyrase B subunit complexed with ADPNP
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ATPASE DOMAIN / GHKL SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII ...DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Feng, L. / Mundy, J.E.A. / Stevenson, C.E.M. / Mitchenall, L.A. / Lawson, D.M. / Mi, K. / Maxwell, A.
資金援助 英国, 中国, 7件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)CEPAMS 英国
Wellcome Trust110072/Z/15/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1603900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0505901 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970136 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670137 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The pentapeptide-repeat protein, MfpA, interacts with mycobacterial DNA gyrase as a DNA T-segment mimic.
著者: Feng, L. / Mundy, J.E.A. / Stevenson, C.E.M. / Mitchenall, L.A. / Lawson, D.M. / Mi, K. / Maxwell, A.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,96612
ポリマ－47,0181
非ポリマー94911
水5,332296
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子

A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,93324
ポリマ－94,0352
非ポリマー1,89822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area11180 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area32360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.985, 76.985, 261.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

NA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 47017.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-427 of the wild-type sequence with a serine residue appended to the N-terminus left after cleavage of the affinity tag
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: gyrB, MSMEG_0005, MSMEI_0007 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QNE0, EC: 5.99.1.3

-
非ポリマー , 6種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→65.37 Å / Num. obs: 66509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.8 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.56-1.5939.52.48612767432310.8450.3992.5181.9100
8.54-65.3727.90.0341504954010.0060.03562.399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER2.82位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZKB

3zkb


解像度: 1.56→64.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 5.159 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.0777 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 3287 5 %RANDOM
Rwork0.1469 ---
obs0.1493 63082 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.92 Å2 / Biso mean: 23.46 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å2-0.92 Å2-0 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---5.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→64.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 0 57 302 3392
Biso mean--24.98 36.44 -
残基数----394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0172955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.6514436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.441.586855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2795418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8422.629175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12515536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3781521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.04336218
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.601 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 247 -
Rwork0.251 4566 -
all-4813 -
obs--99.98 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る