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万見
- PDB-6zss: NMR structure of water-soluble domain of human Lynx2 (Lypd1) protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zss
タイトルNMR structure of water-soluble domain of human Lynx2 (Lypd1) protein
要素Ly6/PLAUR domain-containing protein 1
キーワードNEUROPEPTIDE / Ly-6 / Ly6/uPAR / three-finger protein / nicotinic acetylcholine receptor / Lynx / Lynx2 / Lypd1 / snake neurotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor binding / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / behavioral fear response / negative regulation of protein localization to plasma membrane / side of membrane / protein localization to plasma membrane / response to nicotine ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor binding / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / behavioral fear response / negative regulation of protein localization to plasma membrane / side of membrane / protein localization to plasma membrane / response to nicotine / synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ly6/PLAUR domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kocharovskaya, M.V. / Paramonov, A.S. / Lyukmanova, E.N. / Shenkarev, Z.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-20176 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Diversity and Dynamics of Human Three-Finger Proteins Acting on Nicotinic Acetylcholine Receptors.
著者: Paramonov, A.S. / Kocharovskaya, M.V. / Tsarev, A.V. / Kulbatskii, D.S. / Loktyushov, E.V. / Shulepko, M.A. / Kirpichnikov, M.P. / Lyukmanova, E.N. / Shenkarev, Z.O.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ly6/PLAUR domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3911
ポリマ－9,3911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5740 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Ly6/PLAUR domain-containing protein 1 / Putative HeLa tumor suppressor / PHTS


分子量: 9390.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYPD1, LYPDC1, PSEC0181, UNQ3079/PRO9917 / プラスミド: pET-22b(+) / 細胞株 (発現宿主): SHuffle / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N2G4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CO
1101isotropic13D HNCA
1111isotropic13D HN(CO)CA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic13D 1H-15N-NOESY-HSQC
161isotropic13D 1H-15N-TOCSY-HSQC
181isotropic13D 1H-13C-(H)CCH-TOCSY
191isotropic13D HNHA
1121isotropic13D HNHB
1131isotropic12D 1H-13C TROSY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.25 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Lynx2, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C_15N_sample1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 0.25 mM / 構成要素: Lynx2 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態イオン強度: 10 mM / Ionic strength err: 5 / Label: conditions1 / pH: 6.7 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: CryoProbe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TopSpinBruker Biospincollection
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
MddNMRV. Orekhov, V. Jaravine, M. Mayzel, K. Kazimierczuk, Swedish NMR Center, University of Gothenburg解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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