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万見
- PDB-6zsk: Cytochrome c prime beta from Methylococcus capsulatus (Bath): CO ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zsk
タイトルCytochrome c prime beta from Methylococcus capsulatus (Bath): CO complex
要素Cytochrome c
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome c'-beta / methanotroph / carbon monoxide
機能・相同性Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / metal ion binding / CARBON MONOXIDE / HEME C / Cytochrome c
機能・相同性情報
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Adams, H.R. / Hough, M.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: to be published
著者: Adams, H.R. / Strange, R.W. / Svistunenko, D.A. / Andrew, C.R. / Hough, M.A.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,41511
ポリマ－34,7412
非ポリマー1,6739
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.490, 105.490, 105.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

ZN

21A-203-

ZN

31A-313-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 17370.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: ccp, MCA2394 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G1UBD5

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非ポリマー , 5種, 140分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2 microlitres of 15 mg/ml protein in 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, mixed with with an equivalent volume of reservoir solution containing 0.01 M ZnSO4, 35% PEG 550 (v/v) and 0.1 M MES, pH 6.5. ...詳細: 2 microlitres of 15 mg/ml protein in 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, mixed with with an equivalent volume of reservoir solution containing 0.01 M ZnSO4, 35% PEG 550 (v/v) and 0.1 M MES, pH 6.5. Cryoprotection in ML plus 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.22 Å / Num. obs: 51778 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 20.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2607 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 2.73 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Refined from PDB 6HIH

6hih


解像度: 1.6→47.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.701 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0723 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1983 2626 5.1 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.182 49120 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.19 Å2 / Biso mean: 29.735 Å2 / Biso min: 19.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2095 0 114 131 2340
Biso mean--33.12 40.91 -
残基数----271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2191.7513174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5031.6274578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8095281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.45121.527131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.91815323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9451516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02542
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 177 -
Rwork0.306 3645 -
all-3822 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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