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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zr0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tetrameric fibrinogen-like recognition domain of FIBCD1 with N-acetylalanine ligand bound | ||||||
![]() | Fibrinogen C domain-containing protein 1 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / fibrinogen-like domain / N-acetyl-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitin binding / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shrive, A.K. / Greenhough, T.J. / Williams, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human immune protein FIBCD1 suggest an extended binding site compatible with recognition of pathogen associated carbohydrate motifs 著者: Williams, H.M. / Moeller, J.B. / Burns, I. / Schlosser, A. / Sorensen, G.L. / Greenhough, T.J. / Holmskov, U. / Shrive, A.K. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the tetrameric fibrinogen-like recognition domain of fibrinogen C domain containing 1 (FIBCD1) protein 著者: Shrive, A.K. / Moeller, J.B. / Burns, I. / Paterson, J.M. / Shaw, A.J. / Schlosser, A. / Sorensen, G.L. / Greenhough, T.J. / Holmskov, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zqrC ![]() 6zqxC ![]() 6zqyC ![]() 6zr3C ![]() 6zr4C ![]() 4m7hS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25688.055 Da / 分子数: 2 / 断片: fibrinogen-like recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8N539 #2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-非ポリマー , 6種, 259分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/AYA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/AYA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate, 8% Dioxane, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→84.44 Å / Num. obs: 46069 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Num. unique obs: 3105 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDBID 4M7H 解像度: 1.94→84.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.109 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.83 Å2 / Biso mean: 21.69 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.94→84.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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