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万見
- PDB-6zqy: Crystal structure of tetrameric fibrinogen-like recognition domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zqy
タイトルCrystal structure of tetrameric fibrinogen-like recognition domain of FIBCD1 with Neu5Ac ligand bound
要素Fibrinogen C domain-containing protein 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / fibrinogen-like domain / N-acetyl-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / : / extracellular space / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal ...: / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Fibrinogen C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Greenhough, T.J. / Williams, H.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Science and Technology Funding CouncilMX310 英国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of human immune protein FIBCD1 suggest an extended binding site compatible with recognition of pathogen associated carbohydrate motifs
著者: Williams, H.M. / Moeller, J.B. / Burns, I. / Schlosser, A. / Sorensen, G.L. / Greenhough, T.J. / Holmskov, U. / Shrive, A.K.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the tetrameric fibrinogen-like recognition domain of fibrinogen C domain containing 1 (FIBCD1) protein
著者: Shrive, A.K. / Moeller, J.B. / Burns, I. / Paterson, J.M. / Shaw, A.J. / Schlosser, A. / Sorensen, G.L. / Greenhough, T.J. / Holmskov, U.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年12月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 2.32024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,80412
ポリマ－51,3762
非ポリマー1,42810
水6,305350
1
A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,05624
ポリマ－102,7524
非ポリマー4,30420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
2
B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,16124
ポリマ－102,7524
非ポリマー1,40920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.290, 119.290, 44.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fibrinogen C domain-containing protein 1


分子量: 25688.055 Da / 分子数: 2 / 断片: fibrinogen-like recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIBCD1, UNQ701/PRO1346 / プラスミド: pNT-Bac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N539

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 358分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Ammonium Sulphate, 9% Dioxane, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→59.72 Å / Num. obs: 52803 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.8930.388965532000.7950.2580.469398.7
9.06-59.643.90.02517564470.9990.0140.02827.389.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M7H

4m7h


解像度: 1.85→59.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.481 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 2688 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1761 50114 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.16 Å2 / Biso mean: 16.788 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→59.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 88 350 3958
Biso mean--37.82 30.62 -
残基数----438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.6595051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2661.5987117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3015436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.04320.894235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88815522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3591532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.233 3687 -
Rfree-191 -
obs--98.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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