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- PDB-6zpl: Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpl
タイトルInward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor, sybody Sb_GlyT1#7 and bound Na and Cl ions.
要素
  • Endoglucanase H
  • Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
  • Sybody Sb_GlyT1#7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / secondary active transport / neurotransmitter-sodium symport / amino acid transport / SLC6A9 / inward open state / inhibitor bound complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / synaptic transmission, glycinergic / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule ...glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / synaptic transmission, glycinergic / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / parallel fiber to Purkinje cell synapse / cellulase / neurotransmitter transport / beta-glucosidase activity / cellulase activity / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / cellulose catabolic process / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / basal plasma membrane / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / postsynaptic density / endosome / apical plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, glycine, type 1 / Carbohydrate binding module family 11 / Carbohydrate binding domain (family 11) / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / : / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. ...Sodium:neurotransmitter symporter, glycine, type 1 / Carbohydrate binding module family 11 / Carbohydrate binding domain (family 11) / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / : / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QET / Endoglucanase H / Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hungateiclostridium thermocellum (バクテリア)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.945 Å
データ登録者Shahsavar, A. / Stohler, P. / Bourenkov, G. / Zimmermann, I. / Siegrist, M. / Guba, W. / Pinard, E. / Sinning, S. / Seeger, M.A. / Schneider, T.R. ...Shahsavar, A. / Stohler, P. / Bourenkov, G. / Zimmermann, I. / Siegrist, M. / Guba, W. / Pinard, E. / Sinning, S. / Seeger, M.A. / Schneider, T.R. / Dawson, R.J.P. / Nissen, P.
資金援助 デンマーク, スイス, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
Lundbeckfonden デンマーク
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the inhibition of glycine reuptake.
著者: Shahsavar, A. / Stohler, P. / Bourenkov, G. / Zimmermann, I. / Siegrist, M. / Guba, W. / Pinard, E. / Sinning, S. / Seeger, M.A. / Schneider, T.R. / Dawson, R.J.P. / Nissen, P.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
A: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
C: Endoglucanase H
E: Sybody Sb_GlyT1#7
F: Sybody Sb_GlyT1#7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,48411
ポリマ－187,2325
非ポリマー1,2526
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.410, 69.710, 149.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 BAC

#1: タンパク質 Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1 / GlyT1 / Solute carrier family 6 member 9


分子量: 64730.410 Da / 分子数: 2
変異: L153A, S297A, I368A, C633A. N-terminal deletion of residues 1-91 and residues 9-281 of Lichenase (PDB ID 2CIT) have been fused at the N-terminal. C- terminal deletion of residues 685-706 as ...変異: L153A, S297A, I368A, C633A. N-terminal deletion of residues 1-91 and residues 9-281 of Lichenase (PDB ID 2CIT) have been fused at the N-terminal. C- terminal deletion of residues 685-706 as well as a deletion in the extracellular loop 2 (EL2) between residues 240-256.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48067
#2: タンパク質 Endoglucanase H / Cellulase H / Endo-1 / 4-beta-glucanase H / EgH


分子量: 31163.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hungateiclostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: celH, Cthe_1472
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16218, cellulase

-
抗体 , 1種, 2分子 EF

#3: 抗体 Sybody Sb_GlyT1#7


分子量: 13303.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-QET / [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone


分子量: 567.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23F6NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 292.75 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: Crystals appeared in 3-10 days in 0.1 M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v, 1,3-Butanediol with the longest dimension of 2-5 um.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
41001N
51001N
61001N
71001N
81001N
91001N
101001N
111001N
121001N
131001N
141001N
151001N
161001N
171001N
181001N
191001N
201001N
211001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)10.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)20.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)30.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)40.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)50.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)60.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)70.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)80.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)90.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)100.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)110.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)120.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)130.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)140.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)150.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)160.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)170.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)180.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)190.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)200.98
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)210.98
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2018年12月20日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2018年12月17日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M3PIXEL2018年12月16日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M4PIXEL2018年12月13日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M5PIXEL2018年12月9日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M6PIXEL2018年12月8日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M7PIXEL2018年12月5日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M8PIXEL2018年12月4日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M9PIXEL2018年12月2日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M10PIXEL2018年12月1日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M11PIXEL2018年11月29日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M12PIXEL2018年11月28日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M13PIXEL2018年11月20日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M14PIXEL2018年11月6日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M15PIXEL2018年10月23日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M16PIXEL2018年9月24日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M17PIXEL2018年9月2日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M18PIXEL2018年7月13日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M19PIXEL2018年7月12日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M20PIXEL2018年6月12日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M21PIXEL2018年3月26日Mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
6SINGLE WAVELENGTHMx-ray6
7SINGLE WAVELENGTHMx-ray7
8SINGLE WAVELENGTHMx-ray8
9SINGLE WAVELENGTHMx-ray9
10SINGLE WAVELENGTHMx-ray10
11SINGLE WAVELENGTHMx-ray11
12SINGLE WAVELENGTHMx-ray12
13SINGLE WAVELENGTHMx-ray13
14SINGLE WAVELENGTHMx-ray14
15SINGLE WAVELENGTHMx-ray15
16SINGLE WAVELENGTHMx-ray16
17SINGLE WAVELENGTHMx-ray17
18SINGLE WAVELENGTHMx-ray18
19SINGLE WAVELENGTHMx-ray19
20SINGLE WAVELENGTHMx-ray20
21SINGLE WAVELENGTHMx-ray21
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
211
反射解像度: 3.9→29.86 Å / Num. obs: 22222 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 101.5 Å2 / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.2571 / Rrim(I) all: 0.9253 / Net I/σ(I): 4.39
反射 シェル解像度: 3.9→4.039 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 2219 / CC1/2: 0.276 / CC star: 0.658 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4us3, 6dzz

4us3

6dzz


解像度: 3.945→29.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.764 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.845
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2914 1072 4.99 %RANDOM
Rwork0.2766 ---
obs0.2774 21462 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 317.82 Å2 / Biso mean: 106.35 Å2 / Biso min: 39.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.39 Å20 Å20.981 Å2
2---27.8287 Å20 Å2
3---18.4387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.85 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.945→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12413 0 126 0 12539
Biso mean--99.95 --
残基数----1561
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7186SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3849HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12834HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1616SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance13HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17015SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d25069HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg44993HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.66
LS精密化 シェル解像度: 3.945→3.974 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 21 4.88 %
Rwork0.2186 409 -
all0.2222 430 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2163-0.5169-0.48322.0428-0.85343.1157-0.04720.10990.2841-0.0656-0.004-0.0579-0.4377-0.53940.0512-0.22730.1539-0.0524-0.1074-0.0355-0.2335123.79316.568842.8304
22.3597-0.17150.63552.4588-0.85232.8631-0.1425-0.22380.2103-0.08220.17180.2083-0.4971-0.5561-0.0293-0.29860.1521-0.0533-0.10150.001-0.309365.88926.664442.6878
34.3018-1.1187-0.38812.51210.73095.0118-0.1192-0.16770.31790.25570.00510.2386-0.11660.42420.11410.22770.0929-0.14280.0894-0.14750.02991.3773-18.30034.4362
46.64910.7173-2.05756.5483-1.71554.4490.03080.0815-0.19680.0564-0.0240.3030.0542-0.5409-0.0068-0.29440.0249-0.09670.3040.0987-0.2675128.7208-28.289975.0986
58.49263.0519-1.68526.541-2.76174.7124-0.1322-0.2959-0.56540.3006-0.1556-0.18090.4705-0.55970.2878-0.0748-0.15630.06960.3040.0822-0.202967.1711-28.624673.757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A105 - 650
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B107 - 664
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C9 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|* }E1 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|* }F1 - 120

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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