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- PDB-6zpd: gamma-tocopherol transfer protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpd
タイトルgamma-tocopherol transfer protein
要素Alpha-tocopherol transfer protein
キーワードLIPID TRANSPORT / SEC-14 like / vitamin E / nanoparticle / transcytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin E transport / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / lipid transfer activity / vitamin transport / intermembrane lipid transfer / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / positive regulation of amyloid-beta clearance / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...Vitamin E transport / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / lipid transfer activity / vitamin transport / intermembrane lipid transfer / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / positive regulation of amyloid-beta clearance / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / embryonic placenta development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / lipid metabolic process / response to toxic substance / late endosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VIV / Alpha-tocopherol transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Aeschimann, W. / Kammer, S. / Staats, S. / Stocker, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_156419 スイス
引用ジャーナル: Redox Biol / 年: 2020
タイトル: Engineering of a functional gamma-tocopherol transfer protein.
著者: Aeschimann, W. / Kammer, S. / Staats, S. / Schneider, P. / Schneider, G. / Rimbach, G. / Cascella, M. / Stocker, A.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6606
ポリマ－26,9401
非ポリマー7205
水3,063170
1
A: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,837144
ポリマ－646,56124
非ポリマー17,276120
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area82890 Å2
ΔGint-1060 kcal/mol
Surface area218360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.687, 167.687, 167.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

TRS

21A-305-

TRS

31A-527-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-tocopherol transfer protein / Alpha-TTP


分子量: 26940.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTPA, TPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49638

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非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物 ChemComp-VIV / (2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHROMAN-6-OL / α-トコフェロ-ル


分子量: 430.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.27 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0007 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→48.407 Å / Num. obs: 19658 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.87 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / 冗長度: 10.92 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Num. unique obs: 3107 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OIP

1oip


解像度: 2.24→48.407 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 982 5 %
Rwork0.182 18675 -
obs0.1837 19657 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.84 Å2 / Biso mean: 45.953 Å2 / Biso min: 19.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→48.407 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 41 170 2115
Biso mean--44.69 53.35 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6322742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.427752
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.24-2.35770.26651370.235260899
2.3577-2.50540.25661380.22392626100
2.5054-2.69880.25151380.20472612100
2.6988-2.97040.22741390.20272640100
2.9704-3.40010.24571390.18272658100
3.4001-4.28340.18421420.16642694100
4.2834-6.660.20271490.16412837100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2635-0.0028-0.17840.49710.17070.1398-0.0052-0.29520.53980.27210.0301-0.31-0.4460.26890.00010.39640.0086-0.07930.3696-0.0370.409523.7191-34.808524.0831
20.03880.0401-0.01350.0444-0.03240.02320.6013-0.0602-0.33490.23490.67980.0692-0.5118-0.36180.0020.63980.14990.19520.723-0.08140.73457.72-37.631732.9196
30.6660.70370.18431.0078-0.37610.7496-0.0389-0.0610.01720.0930.0632-0.00990.0913-0.086200.22650.0912-0.01970.35040.01270.180617.0364-56.239829.8228
40.4565-0.42480.63130.9092-0.09180.9511-0.1806-0.16220.06330.0940.1170.0667-0.0475-0.002-00.24310.0456-0.00740.3716-0.00110.164815.3734-51.277229.0111
50.66430.27880.087-0.04680.45571.281-0.050.04160.0691-0.12480.03390.2265-0.1046-0.2927-00.21140.0548-0.03180.38530.03880.26596.1045-50.954922.4329
60.12780.1371-0.09030.2052-0.00960.0131-0.46430.29040.6383-0.73680.32990.4971-0.1961-0.5171-0.00070.36790.095-0.11060.53920.08370.43841.8251-45.702616.8267
70.7025-0.0057-0.16190.47380.4220.4498-0.05711.00430.3402-0.1539-0.26170.0435-0.0962-0.6901-0.19620.38490.0448-0.11670.57920.13830.279611.8785-46.786510.8905
80.01890.0640.09280.4010.16080.4919-0.06570.4946-0.4032-0.3515-0.0149-0.07550.71830.0876-0.00270.39730.0617-0.00810.4101-0.05050.322516.4232-65.888114.8498
90.4680.47120.40070.86670.73880.6912-0.1078-0.7188-0.0906-0.3261-0.2314-0.15490.40340.2493-0.09410.4560.2109-0.02720.3680.20440.319119.4453-66.287730.5979
100.2513-0.00950.00240.4469-0.08890.44630.0896-0.29780.2951-0.2215-0.1375-0.6018-0.29680.13450.01280.39510.0871-0.07180.47760.05220.233522.4799-48.910838.7856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 48:75)A48 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 76:83)A76 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 84:120)A84 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 121:158)A121 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 159:203)A159 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 204:215)A204 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 216:223)A216 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 224:250)A224 - 250
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 251:258)A251 - 258
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 259:278)A259 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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