PDB-6zop: Structure of the cysteine-rich domain of PiggyMac, a domesticated...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zop

タイトル

Structure of the cysteine-rich domain of PiggyMac, a domesticated PiggyBac transposase involved in programmed genome rearrangements

要素

DDE_Tnp_1_7 domain-containing protein

キーワード

GENE REGULATION / zinc-finger / transposase / piggyMac / cysteine-riche domain

機能・相同性

PiggyBac transposable element-derived protein / Transposase IS4 / Chromosome undetermined scaffold_49, whole genome shotgun sequence

機能・相同性情報

生物種

Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Bessa, L. / Guerineau, M. / Moriau, S. / Lescop, E. / Bontems, F. / Mathy, N. / Guittet, E. / Bischerour, J. / Betermier, M. / Morellet, N.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mob DNA / 年: 2021
タイトル: The unusual structure of the PiggyMac cysteine-rich domain reveals zinc finger diversity in PiggyBac-related transposases.
著者: Guerineau, M. / Bessa, L. / Moriau, S. / Lescop, E. / Bontems, F. / Mathy, N. / Guittet, E. / Bischerour, J. / Betermier, M. / Morellet, N.

履歴

登録	2020年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zop.cif.gz	455.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zop.ent.gz	387.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zop_validation.pdf.gz	258.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zop_full_validation.pdf.gz	342.7 KB	表示
XML形式データ	6zop_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	6zop_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j8d-1 5pgp-d 5e9m-d 5otv-2 5pdg-d 5pgg-d 5pc9-d 6z4u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34527Structure of the cysteine-rich domain of PiggyMac, a domesticated PiggyBac transposase involved in programmed genome rearrangements

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DDE_Tnp_1_7 domain-containing protein

ヘテロ分子

9.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	DDE_Tnp_1_7 domain-containing protein 分子量: 9673.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ) 遺伝子: GSPATT00016627001 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0DFJ7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	3D HNCO
1	2	1	isotropic	1	3D HN(CA)CO
1	3	1	isotropic	1	3D HNCA
1	4	1	isotropic	1	3D HN(CO)CA
1	5	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	isotropic	1	3D HN(COCA)CB
1	7	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	isotropic	1	3D (H)CC(CO)NH
1	9	1	isotropic	2	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	isotropic	2	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 400 uM U-15N U-13C cysteine-rich domain of PiggyMac, 90% H2O/10% D2O 詳細: none / Label: 15N 13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 400 uM / 構成要素: cysteine-rich domain of PiggyMac / Isotopic labeling: U-15N U-13C
試料状態	詳細: none / イオン強度: 25 mM / Ionic strength err: 1 / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 293 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HD	Bruker	AVANCE III HD	600	1
Bruker AVANCE III HD	Bruker	AVANCE III HD	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert P.	structure calculation
CcpNmr Analysis	CCPN	peak picking

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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