[日本語] English
万見
- PDB-6znw: Methanosaeta concilii ATP citrate lyase (D541A mutant) in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6znw
タイトルMethanosaeta concilii ATP citrate lyase (D541A mutant) in complex with (3S)-citryl-CoA.
要素
  • Citrate lyase, subunit 1
  • Methanosaeta concilii ACLY-B
キーワードLYASE / acetyl-CoA production / metabolism / atp citrate lyase / lipogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / lipid metabolic process / lyase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / Succinyl-CoA synthetase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / PHOSPHATE ION / (3S)-citryl-Coenzyme A / ATP citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothrix soehngenii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.121 Å
データ登録者Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0619N ベルギー
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Acetyl-CoA is produced by the citrate synthase homology module of ATP-citrate lyase.
著者: Verstraete, K. / Verschueren, K.H.G. / Dansercoer, A. / Savvides, S.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Citrate lyase, subunit 1
B: Methanosaeta concilii ACLY-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7066
ポリマ－116,4562
非ポリマー1,2504
水5,260292
1
A: Citrate lyase, subunit 1
B: Methanosaeta concilii ACLY-B
ヘテロ分子

A: Citrate lyase, subunit 1
B: Methanosaeta concilii ACLY-B
ヘテロ分子

A: Citrate lyase, subunit 1
B: Methanosaeta concilii ACLY-B
ヘテロ分子

A: Citrate lyase, subunit 1
B: Methanosaeta concilii ACLY-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,82424
ポリマ－465,8248
非ポリマー5,00016
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area54070 Å2
ΔGint-339 kcal/mol
Surface area153940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.531, 154.373, 276.054
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-981-

HOH

21B-1049-

HOH

31B-1053-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Citrate lyase, subunit 1


分子量: 47307.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanothrix soehngenii (古細菌) / 遺伝子: ACLY-A / プラスミド: pET11a-ACLY-A/B / 詳細 (発現宿主): Bicistronic construct / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W8FB26, ATP citrate synthase
#2: タンパク質 Methanosaeta concilii ACLY-B


分子量: 69148.570 Da / 分子数: 1 / Mutation: Asp541Ala / 由来タイプ: 組換発現
詳細: M. concilii ACLY-B fused to a C-terminal hexahistidine tag
由来: (組換発現) Methanothrix soehngenii (古細菌) / 遺伝子: ACLY-B / プラスミド: pET11a-ACLY-A/B / 詳細 (発現宿主): Bicistronic construct / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: ATP citrate synthase

-
非ポリマー , 5種, 296分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-Q5B / (3S)-citryl-Coenzyme A / (2~{S})-2-[2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-2-oxidanylidene-ethyl]-2-oxidanyl-butanedioic acid


分子量: 941.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42N7O22P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M xylitol 0.02 M myo-inositol 0.02 M D-(-)-fructose 0.02 M L-rhamnose monohydrate 0.02 M D-sorbitol 0.1 M BES/Triethanolamine pH 7.5 12.5 % PEG4000 20 % 1,2,6-hexanetriol
Temp details: Temperature controlled incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen gas cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976245 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976245 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→139 Å / Num. obs: 88579 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.0107 / Net I/σ(I): 18.58
反射 シェル解像度: 2.12→2.25 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 13824 / CC1/2: 0.511 / Rrim(I) all: 2.596 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDS20200131データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6hxi

6hxi


解像度: 2.121→79.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.132
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 4490 -RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1866 88580 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 103.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4514 Å20 Å20 Å2
2--1.7136 Å20 Å2
3----6.165 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.121→79.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7909 0 79 292 8280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9311049HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2868SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1390HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8155HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1068SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle8HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5958SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.08
LS精密化 シェル解像度: 2.121→2.14 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 92 -
Rwork0.2261 --
obs--88.42 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0798.5903-1.386320.4365-9.214311.1867-0.28020.2503-1.19530.25030.55211.298-1.19531.298-0.2719-0.0742-0.53850.1412-0.5833-0.10310.86323.102155.610333.6224
29.0145-5.0002-0.22353.8113-3.28265.81760.4828-1.0495-1.0714-1.0495-0.36911.2376-1.07141.2376-0.1137-0.2978-0.75990.0056-0.6965-0.06710.786333.729861.469131.2083
35.5463-0.00370.84910.89470.4461.4781-0.40430.2804-1.09660.28040.37110.6983-1.09660.69830.03320.1019-0.5469-0.0472-0.8536-0.21461.319622.44864.438141.9239
46.38461.0911-1.413913.661-2.81634.6853-0.3460.0658-1.12930.06580.48750.6391-1.12930.6391-0.1415-0.0138-0.4983-0.0742-0.69060.09961.287517.25157.822435.4295
512.2021-1.69080.239225.94884.527300.01390.4568-0.78260.45680.47191.6212-0.78261.6212-0.4858-0.2621-0.51850.2027-0.3541-0.36420.214129.109842.881238.963
65.45722.0631-0.12015.66710.18362.4375-0.13370.7520.28490.7520.50820.79690.28490.7969-0.37450.1289-0.0035-0.2361-0.1092-0.49470.189823.180522.500348.3192
714.23912.45763.977510.30440.8235.08380.49651.85250.90021.8525-0.12191.21320.90021.2132-0.37460.63420.0413-0.536-0.2871-0.1993-0.147720.189414.155957.8079
84.2552.12880.69038.19083.02982.0889-0.25250.0937-0.53310.09370.0741-0.197-0.5331-0.1970.17840.0279-0.10190.0645-0.16640.04250.2549-7.284529.502135.3193
93.235-0.23950.0674.06231.36073.1643-0.15241.0901-0.25511.09010.2829-0.0886-0.2551-0.0886-0.13060.3846-0.03870.1356-0.344-0.30370.0279-0.794434.419354.61
102.4967-0.1453-0.47385.99342.98063.78740.04481.99860.28131.99860.27970.11340.28130.1134-0.32450.54120.0536-0.0543-0.2579-0.2698-0.23722.515929.011960.4445
111.1877-0.0038-0.27710.90850.08651.67830.13750.00950.09280.0095-0.03850.50970.09280.5097-0.099-0.23560.006-0.01710.1607-0.01290.045316.3992-2.98785.5204
121.8202-0.15410.01180.6271-0.13111.99990.1234-0.09350.4718-0.0935-0.0710.35610.47180.3561-0.0525-0.11490.1326-0.03410.0717-0.09870.07912.0752-15.6598-10.4417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|20 }A2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|21 - A|65 }A21 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|72 - A|186 }A72 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|187 - A|230 }A187 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|231 - A|248 }A231 - 248
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|249 - A|388 }A249 - 388
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|389 - A|419 }A389 - 419
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|4 - B|126 }B4 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|127 - B|270 }B127 - 270
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|271 - B|346 }B271 - 346
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|347 - B|450 }B347 - 450
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|451 - B|701 }B451 - 619
13X-RAY DIFFRACTION12{ B|451 - B|701 }B701

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る