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- PDB-6zn3: Plasmodium facliparum glideosome trimeric sub-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zn3
タイトルPlasmodium facliparum glideosome trimeric sub-complex
要素
  • Myosin A tail domain interacting protein
  • Myosin essential light chain ELC
  • Myosin-A
キーワードMOTOR PROTEIN / motility / glideosome / myosin / essential light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


pellicle / inner membrane pellicle complex / glideosome / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton ...pellicle / inner membrane pellicle complex / glideosome / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / Class XIV myosin, motor domain / EF-hand domain / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / : ...: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / Class XIV myosin, motor domain / EF-hand domain / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Myosin-A / Myosin essential light chain ELC
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Pazicky, S. / Loew, C.
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council621-2013-5905 スウェーデン
Joachim Herz Stiftung800026 ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structural role of essential light chains in the apicomplexan glideosome.
著者: Pazicky, S. / Dhamotharan, K. / Kaszuba, K. / Mertens, H.D.T. / Gilberger, T. / Svergun, D. / Kosinski, J. / Weininger, U. / Low, C.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin essential light chain ELC
B: Myosin A tail domain interacting protein
C: Myosin-A
D: Myosin essential light chain ELC
E: Myosin A tail domain interacting protein
F: Myosin-A
G: Myosin essential light chain ELC
H: Myosin A tail domain interacting protein
I: Myosin-A
J: Myosin essential light chain ELC
K: Myosin A tail domain interacting protein
L: Myosin-A
M: Myosin essential light chain ELC
N: Myosin A tail domain interacting protein
O: Myosin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,04815
ポリマ－188,04815
非ポリマー00
水543
1
A: Myosin essential light chain ELC
B: Myosin A tail domain interacting protein
C: Myosin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6103
ポリマ－37,6103
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
2
D: Myosin essential light chain ELC
E: Myosin A tail domain interacting protein
F: Myosin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6103
ポリマ－37,6103
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
3
G: Myosin essential light chain ELC
H: Myosin A tail domain interacting protein
I: Myosin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6103
ポリマ－37,6103
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
4
J: Myosin essential light chain ELC
K: Myosin A tail domain interacting protein
L: Myosin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6103
ポリマ－37,6103
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
5
M: Myosin essential light chain ELC
N: Myosin A tail domain interacting protein
O: Myosin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6103
ポリマ－37,6103
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.880, 211.880, 75.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Myosin essential light chain ELC


分子量: 15779.875 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1017500 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJM4
#2: タンパク質
Myosin A tail domain interacting protein


分子量: 16788.572 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1246400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I4W8
#3: タンパク質・ペプチド
Myosin-A / PfM-A


分子量: 5041.055 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF13_0233 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDR3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.13 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, ethylene glycol, di-ethyleneglycol, tri-ethyleneglycol, tetra-ethyleneglycol, penta-ethyleneglycol, imidazole, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→47.42 Å / Num. obs: 114354 / % possible obs: 83.53 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 81.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0874 / Rpim(I) all: 0.03701 / Rrim(I) all: 0.09505 / Net I/σ(I): 12.69
反射 シェル解像度: 2.51→2.604 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 3.79 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 911 / CC1/2: 0.111 / CC star: 0.448 / Rpim(I) all: 1.602 / Rrim(I) all: 4.118 / % possible all: 7.97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.17.1.3660精密化
STARANISOデータスケーリング
PHASER1.17.1.3660位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6jt4, 4aom

6jt4

4aom


解像度: 2.51→47.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.812 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.51 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23756 4756 5 %RANDOM
Rwork0.20027 ---
obs0.20216 90855 83.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12965 0 0 3 12968
拘束条件タイプ: r_bond_refined_d / Dev ideal: 0.009 / Dev ideal target: 0.013 / 数: 13175
LS精密化 シェル解像度: 2.514→2.579 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 19 -
Rwork0.373 341 -
obs--4.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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