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- PDB-6zmp: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Naa20 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zmp
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Naa20 in complex with a bisubstrate analogue
要素
  • CMC-MET-ASP-GLU-LEU
  • N-terminal acetyltransferase-like protein
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / N-terminal acetyltransferase / GNAT / catalytic subunit
機能・相同性: / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / CARBOXYMETHYL COENZYME *A / N-terminal acetyltransferase-like protein
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Layer, D. / Kopp, J. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Collaborative Research centre 1036 ドイツ
Other privateLeibniz Programme ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Naa20 activity towards a canonical NatB substrate.
著者: Layer, D. / Kopp, J. / Fontanillo, M. / Kohn, M. / Lapouge, K. / Sinning, I.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase-like protein
B: N-terminal acetyltransferase-like protein
C: CMC-MET-ASP-GLU-LEU
D: CMC-MET-ASP-GLU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6206
ポリマ－46,9694
非ポリマー1,6512
水10,395577
1
A: N-terminal acetyltransferase-like protein
C: CMC-MET-ASP-GLU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3103
ポリマ－23,4842
非ポリマー8261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
2
B: N-terminal acetyltransferase-like protein
D: CMC-MET-ASP-GLU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3103
ポリマ－23,4842
非ポリマー8261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.150, 114.453, 47.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 2 - 191 / Label seq-ID: 2 - 191

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase-like protein


分子量: 22977.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0066240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGG4
#2: タンパク質・ペプチド CMC-MET-ASP-GLU-LEU


分子量: 506.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CtNaa20 was concentrated to 20 mg/ml and mixed in a 1:3 molar ratio with CoA-Ac-MDEL. The crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant solution (15 % (v/v) ...詳細: CtNaa20 was concentrated to 20 mg/ml and mixed in a 1:3 molar ratio with CoA-Ac-MDEL. The crystallization drops contained 200 nl protein solution and 200 nl precipitant solution (15 % (v/v) propanol, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M TRIS pH 8.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976247 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→47.42 Å / Num. obs: 67562 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 20.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.306 / Num. unique obs: 3320 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.817 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5k18

5k18


解像度: 1.57→47.42 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 3321 5.11 %
Rwork0.1713 61697 -
obs0.1731 65018 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.85 Å2 / Biso mean: 30.9085 Å2 / Biso min: 13.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 296 577 4001
Biso mean--31.37 40.6 -
残基数----380
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1898X-RAY DIFFRACTION4.487TORSIONAL
12B1898X-RAY DIFFRACTION4.487TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.57-1.590.30311660.29872641280798
1.59-1.620.29071170.26372649276698
1.62-1.640.24151600.23962657281799
1.64-1.670.29321510.22972640279199
1.67-1.70.22761400.22127472887100
1.7-1.730.26231140.21332668278299
1.73-1.760.26691780.20462675285399
1.76-1.80.20281310.19012652278399
1.8-1.840.19481270.18512745287299
1.84-1.880.22021820.18832603278599
1.88-1.930.4517970.32891546164358
1.93-1.980.29741400.25282123226380
1.98-2.040.22251570.17972653281099
2.04-2.10.24391260.17422687281399
2.1-2.180.1891300.17042677280799
2.18-2.260.3994770.24941922199970
2.26-2.370.2081270.18672521264893
2.37-2.490.20951220.16582710283299
2.49-2.650.2161340.169527172851100
2.65-2.850.18691750.16826652840100
2.85-3.140.18271160.161327482864100
3.14-3.590.1771470.14152680282799
3.59-4.530.1721500.13562631278197
4.53-47.420.15471570.14212740289799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2703-1.1459-0.22533.1650.53973.61570.08010.23780.2873-0.3101-0.10320.0371-0.1599-0.1646-0.01860.240.0144-0.03080.2565-0.00720.2457-33.52028.4721-1.9007
23.0482-2.5491-2.91972.94481.72223.4345-0.07760.1307-0.3875-0.1634-0.05390.4511-0.0348-0.25920.14410.1720.0046-0.03490.29940.00410.2569-35.66-2.5666-2.4641
33.0339-0.2401-1.20463.756-1.77656.08520.06580.05220.2217-0.0242-0.02090.0592-0.4625-0.0483-0.04930.14480.0195-0.04080.1893-0.00420.1731-31.9675.4733.6851
42.0461-0.3391.06978.94970.32111.0002-0.09820.0808-0.26540.07190.1350.57940.3313-0.1791-0.03180.2345-0.02330.06360.22390.01030.2802-37.0016-20.061814.4803
51.4810.4854-0.59170.9616-0.31631.33590.00750.01480.08280.02830.0120.0751-0.06070.0396-0.01170.1060.0121-0.01140.1618-0.00740.1375-25.1041-2.18257.7288
62.06640.66940.14122.9121-0.22641.006-0.1190.342-0.1751-0.47050.128-0.03550.19070.27070.01270.24720.00940.01510.2302-0.00980.1938-21.2295-12.89961.381
73.5523-1.4265-1.33624.85763.21496.7080.0651-0.2135-0.29850.0565-0.0239-0.12210.36080.4965-0.05140.20190.0515-0.03240.23620.03080.2521-23.0726-14.39420.4093
83.2354-2.55053.49755.5143-1.45014.852-0.25950.24640.3164-0.07570.0512-0.12010.4672-0.3460.06280.29240.00320.01020.348-0.01330.271-27.4489-21.7075.2026
92.9165-0.7469-0.25142.7752-0.4263.58940.00860.239-0.263-0.2492-0.0394-0.11010.12940.09440.05010.20450.01550.00560.24540.00860.2385-1.4242-6.703921.8614
108.3933-2.71552.52243.1071-1.6664.1471-0.02470.32380.2789-0.0203-0.098-0.3787-0.09250.2370.17510.1746-0.0020.02590.2031-0.02070.23980.71264.285821.3595
113.41870.02921.37484.08682.23995.67510.1365-0.0223-0.21740.0725-0.0506-0.13950.4411-0.0232-0.11630.16390.02440.00220.21910.01150.1854-2.9841-3.679427.4399
122.67530.1125-1.56240.423-0.61881.6449-0.0695-0.06180.67070.525-0.2457-1.1128-0.67460.3650.15060.319-0.048-0.11470.2887-0.00730.41921.726921.860138.3158
131.02250.34320.44871.18760.37441.06850.0127-0.0671-0.02530.021-0.0091-0.08350.0594-0.0259-0.01140.14790.01160.0010.20970.00930.1774-9.94613.959231.4567
142.06780.7350.08032.79720.09910.683-0.10040.34320.1586-0.47850.11440.0103-0.1168-0.1106-0.03630.22980.015-0.00840.23930.01620.1792-13.83214.629425.068
150.9268-0.52470.20012.9127-2.35984.58060.056-0.03520.08630.1480.0110.0697-0.39940.0632-0.17140.2240.00970.00140.233-0.03030.2336-9.969119.731736.967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 20 )A2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 38 )A21 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 62 )A39 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 77 )A63 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 123 )A78 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 165 )A124 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 166 through 178 )A166 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 179 through 191 )A179 - 191
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 20 )B2 - 20
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 21 through 38 )B21 - 38
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 39 through 62 )B39 - 62
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 63 through 77 )B63 - 77
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 123 )B78 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 124 through 165 )B124 - 165
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 166 through 191 )B166 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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