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- PDB-6zmn: Crystal structure of the Smad3-Smad5 MH1 domain chimera bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zmn
タイトルCrystal structure of the Smad3-Smad5 MH1 domain chimera bound to the GGCGC site
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
  • Mothers against decapentaplegic homolog 3SMAD3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Smad3 (SMAD3) / transcription (転写 (生物学)) / TGFbeta (TGF-β) / dimerization / hinge loop / protein engineering (タンパク質工学)
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / transdifferentiation / sterol response element binding / paraxial mesoderm morphogenesis / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway ...nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / transdifferentiation / sterol response element binding / paraxial mesoderm morphogenesis / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / regulation of striated muscle tissue development / SMAD protein complex / immune system development / co-SMAD binding / heteromeric SMAD protein complex / regulation of transforming growth factor beta2 production / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / DEAD/H-box RNA helicase binding / bHLH transcription factor binding / pericardium development / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / positive regulation of chondrocyte differentiation / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / embryonic foregut morphogenesis / negative regulation of wound healing / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / transforming growth factor beta receptor binding / primary miRNA processing / Germ layer formation at gastrulation / nuclear glucocorticoid receptor binding / Formation of definitive endoderm / endoderm development / embryonic pattern specification / activin receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / Signaling by Activin / SMAD protein signal transduction / Formation of axial mesoderm / cell-cell junction organization / Signaling by NODAL / regulation of epithelial cell proliferation / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / Interleukin-37 signaling / response to angiotensin / positive regulation of positive chemotaxis / osteoblast development / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / nuclear inner membrane / ureteric bud development / DNA-binding transcription repressor activity / adrenal gland development / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / heart looping / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of focal adhesion assembly / R-SMAD binding / thyroid gland development / mesoderm formation / developmental growth / regulation of immune response / anatomical structure morphogenesis / phosphatase binding / negative regulation of osteoblast differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of bone mineralization / somitogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / T細胞 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / liver development / ubiquitin binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / promoter-specific chromatin binding / nuclear receptor binding / cellular response to glucose stimulus / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / cellular response to virus
類似検索 - 分子機能
MAD homology, MH1 / Smad / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain ...MAD homology, MH1 / Smad / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / TRIETHYLENE GLYCOL / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / SMAD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.333 Å
データ登録者Pluta, R. / Macias, M.J.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53787-P スペイン
European Commission754510European Union
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Unveiling the dimer/monomer propensities of Smad MH1-DNA complexes.
著者: Ruiz, L. / Kaczmarska, Z. / Gomes, T. / Aragon, E. / Torner, C. / Freier, R. / Baginski, B. / Martin-Malpartida, P. / de Martin Garrido, N. / Marquez, J.A. / Cordeiro, T.N. / Pluta, R. / Macias, M.J.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 3
B: Mothers against decapentaplegic homolog 3
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5499
ポリマ－39,1474
非ポリマー4025
水28816
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 3
B: Mothers against decapentaplegic homolog 3
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,34911
ポリマ－48,9476
非ポリマー4025
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y+1/2,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)54.502, 73.416, 111.154
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 3 / SMAD3 / hMAD-3 / JV15-2 / SMAD family member 3 / hSMAD3


分子量: 14673.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD3, MADH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84022
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→48.94 Å / Num. obs: 12973 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.37→2.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 649 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 0.531 / % possible all: 57.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5od6

5od6


解像度: 2.333→26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU R Cruickshank DPI: 0.602 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.649 / SU Rfree Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 650 -RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.212 12963 66.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.8669 Å20 Å20 Å2
2--4.6495 Å20 Å2
3---7.2174 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.333→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1978 656 20 16 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082773HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.913865HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d909SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes365HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2773HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion343SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1646SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.38
LS精密化 シェル解像度: 2.333→3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 16 -
Rwork0.2238 --
obs--8.19 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9345-0.1833-1.30610.26540.2362.16340.02110.2835-0.14760.2835-0.00070.0675-0.14760.0675-0.02040.10050.0354-0.07240.04160.053-0.003314.285228.2644-17.8534
20.40970.9208-0.96820.60580.27273.5632-0.2724-0.1135-0.186-0.11350.45370.2347-0.1860.2347-0.1813-0.0069-0.02180.01340.0277-0.07330.207930.914222.5339-45.1951
32.0895-1.7876-5.269311.0596-1.54328.8895-0.0126-0.35180.1435-0.3518-0.1142-0.07190.1435-0.07190.1268-0.4499-0.1392-0.1892-0.35960.0717-0.233218.24356.1166-13.1325
46.24740.9753-7.032512.8462-6.55362.5774-0.0495-0.3528-0.4988-0.35280.1509-0.1717-0.4988-0.1717-0.1014-0.4084-0.056-0.1706-0.2811-0.1387-0.164317.79548.5331-13.7844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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