PDB-6zlx: The structure of the ClpX-associated factor PDIP38

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zlx

タイトル

The structure of the ClpX-associated factor PDIP38

要素

Polymerase delta-interacting protein 2

キーワード

CELL CYCLE / ClpX / PDIP38 / activator of human ClpXP

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mitotic cytokinesis / vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of macroautophagy / error-free translesion synthesis / mitochondrial nucleoid / positive regulation of focal adhesion assembly / mitotic spindle assembly / positive regulation of mitotic cell cycle / mitochondrion organization / mitotic spindle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.394 Å

データ登録者

Zeth, K. / Dougan, D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PDIP38 is a novel adaptor-like modulator of the mitochondrial AAA+ protease CLPXP
著者: Strack, P. / Brodie, E. / Zhan, H. / Schuenemann, V. / Saiyed, T. / Zeth, K. / Truscott, K. / Dougan, D.

履歴

登録	2020年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zlx.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zlx.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zlx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zlx_validation.pdf.gz	307.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zlx_full_validation.pdf.gz	310.2 KB	表示
XML形式データ	6zlx_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	6zlx_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/6zlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/6zlx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qgq-2 1vg3-d 3s8q-d 2qgq-8 2qgq-4 5oo1-d 4it4-5 1oxb-d 4q7l-2 4u45-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase delta-interacting protein 2

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.095, 120.095, 48.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Polymerase delta-interacting protein 2 / 38 kDa DNA polymerase delta interaction protein / p38 分子量: 34069.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLDIP2, PDIP38, POLD4, HSPC017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2S7
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.39→39.31 Å / Num. obs: 10813 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 3.39→3.6 Å / Num. unique obs: 1742 / CC_1/2: 0.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.394→39.31 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2869	285	5.01 %
R_work	0.2473	-	-
obs	0.2493	5690	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.394→39.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1973	0	2	0	1975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.533	2757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.599	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	357

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3943-4.2757	0.3314	140	0.2864	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2757-39.3	0.2741	145	0.2353	2740	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5105	-0.1971	5.4304	9.6747	-0.0753	6.6049	-0.2822	0.051	0.371	1.0272	-0.527	-0.3243	-1.6376	0.5883	1.2491	0.8386	-0.1099	-0.1513	1.481	-0.049	1.4313	-2.1894	-39.7686	-0.9605
2	6.8309	-1.8623	6.5264	4.8016	-1.9253	6.3589	-0.4242	-0.8521	2.1772	0.2007	-1.9377	-0.434	-0.763	2.3655	-0.1526	0.9715	0.0375	0.0485	1.4781	0.0246	2.1894	1.6211	-45.793	3.5031
3	5.328	2.1848	-3.1792	5.0513	1.1691	3.3526	-0.7749	0.9621	-2.854	-1.0103	-0.4758	-1.184	-0.2551	-0.0967	0.7938	0.9778	-0.0244	-0.1437	1.2262	-0.1105	1.3607	1.8261	-37.9183	-0.7166
4	8.5749	0.8725	-2.5779	2.29	0.1121	0.8417	1.7295	2.9171	1.6492	-3.2963	-2.2518	-2.121	1.2547	2.6606	-3.0181	1.3503	1.4592	0.7326	3.066	0.9027	2.1037	1.4192	-34.3902	-15.903
5	1.9979	-7.4404	2.2607	2.0013	5.9348	8.2465	0.3352	1.2202	3.7198	-1.5404	-0.867	-3.3127	-2.5431	-0.3135	0.7162	0.9664	0.5323	-0.2717	1.2731	0.6812	2.3971	-7.155	-39.3525	-17.5199
6	7.6404	-1.102	2.7	1.8648	0.8392	8.314	0.1893	-1.2182	-2.158	-0.1176	0.6325	0.4902	0.8216	-0.6617	0.1298	0.9031	-0.2484	0.0969	0.4363	-0.0778	1.4665	5.4414	-50.3596	-1.0943
7	9.6939	-4.5266	-1.4765	8.6092	-0.0629	2.7354	-0.2599	0.168	-1.1425	-2.6978	0.1727	1.849	-0.4551	0.2255	-1.1085	0.831	-0.211	0.0108	0.7602	0.0717	0.8376	17.5717	-54.2721	-0.3296
8	2.759	-0.7069	-0.306	8.1979	1.0747	6.062	0.1599	-0.2529	0.0408	-0.0522	-0.2901	-0.3861	-0.1933	-0.0407	0.0933	0.5651	-0.0543	0.0418	1.1381	-0.0594	1.546	19.1811	-41.6961	10.5716
9	5.9092	-3.2015	-4.1653	7.6002	0.1974	3.5632	-0.3866	-0.7199	-0.9501	0.3509	-0.2217	1.0879	-0.059	0.0482	0.8862	0.8292	0.1166	0.0986	1.4478	-0.0798	1.2441	17.3864	-47.317	11.3409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 68 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 182 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 200 through 213 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 214 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 240 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 312 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 313 through 358 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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