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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zkp | |||||||||
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タイトル | Native complex I, open1 | |||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / complex / respiration / NADH / proton pump / mitochondria / iron-sulphur cluster / oxidoreductase / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity ...NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / ATP metabolic process / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein-containing complex binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Kampjut, D. / Sazanov, L.A. | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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![]() | ![]() タイトル: The coupling mechanism of mammalian respiratory complex I. 著者: Domen Kampjut / Leonid A Sazanov / ![]() 要旨: Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different ...Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different conditions, including turnover, at resolutions up to 2.3 to 2.5 angstroms. Resolved water molecules allowed us to experimentally define the proton translocation pathways. Quinone binds at three positions along the quinone cavity, as does the inhibitor rotenone that also binds within subunit ND4. Dramatic conformational changes around the quinone cavity couple the redox reaction to proton translocation during open-to-closed state transitions of the enzyme. In the induced deactive state, the open conformation is arrested by the ND6 subunit. We propose a detailed molecular coupling mechanism of complex I, which is an unexpected combination of conformational changes and electrostatic interactions. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 11257MC ![]() 6zk9C ![]() 6zkaC ![]() 6zkbC ![]() 6zkcC ![]() 6zkdC ![]() 6zkeC ![]() 6zkfC ![]() 6zkgC ![]() 6zkhC ![]() 6zkiC ![]() 6zkjC ![]() 6zkkC ![]() 6zklC ![]() 6zkmC ![]() 6zknC ![]() 6zkoC ![]() 6zkqC ![]() 6zkrC ![]() 6zksC ![]() 6zktC ![]() 6zkuC ![]() 6zkvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 8種, 8分子 1Yceikov
#1: タンパク質 | 分子量: 50687.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: W5PUX0, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#18: タンパク質 | 分子量: 20139.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 19381.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 11097.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 40557.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 14431.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 21752.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Mitochondrial complex I, ... , 16種, 16分子 2469VZabfhqrwxyz
#2: タンパク質 | 分子量: 27373.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 52661.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 24622.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 24496.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 14784.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 20880.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 11916.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 13457.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 13287.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 12701.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 16766.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 15565.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 17410.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 8802.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 7075.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit ... , 2種, 2分子 35
#3: タンパク質 | 分子量: 79519.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 30384.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN
#8: タンパク質 | 分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78753, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#9: タンパク質 | 分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78747, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#10: タンパク質 | 分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78757, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#11: タンパク質 | 分子量: 10868.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78754, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#12: タンパク質 | 分子量: 68438.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78756, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#13: タンパク質 | 分子量: 52086.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78755, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#14: タンパク質 | 分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O78748, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 10種, 10分子 Wdglmnpstu
#16: タンパク質 | 分子量: 21614.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#23: タンパク質 | 分子量: 43025.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 16302.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#30: タンパク質 | 分子量: 12605.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 9325.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 11146.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 15236.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 16413.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 21779.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 12226.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 2分子 Xj
#17: タンパク質 | 分子量: 17608.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 12種, 44分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/ZMP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MYR.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/ZMP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MYR.gif)
#45: 化合物 | ChemComp-SF4 / #46: 化合物 | ChemComp-FMN / | #47: 化合物 | #48: 化合物 | ChemComp-K / | #49: 化合物 | ChemComp-3PE / #50: 化合物 | ChemComp-PC1 / #51: 化合物 | ChemComp-CDL / #52: 化合物 | #53: 化合物 | ChemComp-ZN / | #54: 化合物 | ChemComp-NDP / | #55: 化合物 | ChemComp-AMP / | #56: 化合物 | ChemComp-MYR / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Native complex I, open1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32982 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 50 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LNK |