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- PDB-6zk0: 1.47A human IMPase with ebselen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zk0
タイトル1.47A human IMPase with ebselen
要素Inositol monophosphatase 1
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / lithium ion binding / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process ...D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / lithium ion binding / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphate-containing compound metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase, lithium-sensitive / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-2-selanylbenzamide / : / Inositol monophosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Bax, B.D. / Fenn, G.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystallization and structure of ebselen bound to Cys141 of human inositol monophosphatase.
著者: Fenn, G.D. / Waller-Evans, H. / Atack, J.R. / Bax, B.D.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月12日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Inositol monophosphatase 1
BBB: Inositol monophosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,03030
ポリマ－60,7482
非ポリマー2,28228
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.020, 84.020, 150.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Inositol monophosphatase 1 / IMPase 1 / D-galactose 1-phosphate phosphatase / Inositol-1(or 4)-monophosphatase 1 / Lithium- ...IMPase 1 / D-galactose 1-phosphate phosphatase / Inositol-1(or 4)-monophosphatase 1 / Lithium-sensitive myo-inositol monophosphatase A1


分子量: 30373.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IMPA1, IMPA / 細胞株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P29218, inositol-phosphate phosphatase, D-galactose 1-phosphate phosphatase

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非ポリマー , 7種, 454分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-9JT / N-phenyl-2-selanylbenzamide / ~{N}-phenyl-2-selanyl-benzamide / Ebselen, bound form / 2-(フェニルアミニオカルボニル)フェニルセレニド


分子量: 276.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M MnS04, 0.1M MES, 28% PEG4000 and pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→24.44 Å / Num. obs: 104886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 2.019 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5118 / CC1/2: 0.498 / Rpim(I) all: 0.652 / Rrim(I) all: 2.123

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6gj0

6gj0


解像度: 1.47→24.438 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.565 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 5081 4.847 %
Rwork0.1791 99740 -
all0.181 --
obs-104821 99.966 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.032 Å2-0.016 Å20 Å2
2---0.032 Å20 Å2
3---0.103 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→24.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4106 0 122 426 4654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0124813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9011.6326563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4115.016644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.522.353221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78315808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4691531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.22642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.23237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2760.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3590.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2390.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2350.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5672.7052451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5364.0413130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.843.1292361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2764.5483430
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.85439.548021
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.47-1.5080.3623360.30672930.30876320.7080.76499.96070.298
1.508-1.5490.3253550.30471000.30574550.7880.7731000.289
1.549-1.5940.3113530.27268840.27472370.8310.8521000.249
1.594-1.6430.2643260.24567290.24670550.8970.8971000.217
1.643-1.6960.2623590.22664860.22868450.9080.9131000.196
1.696-1.7560.2542990.22163290.22266280.9090.9241000.188
1.756-1.8220.2363030.20360950.20463980.9240.9361000.174
1.822-1.8950.2372870.19258780.19461650.9250.9411000.167
1.895-1.9790.2253060.19256030.19459090.9370.9451000.168
1.979-2.0750.2292650.18854090.1956740.9380.951000.17
2.075-2.1870.2142410.1851630.18154040.9460.9531000.167
2.187-2.3180.2112900.17548340.17751240.9460.9551000.162
2.318-2.4760.2082470.17345830.17548300.9480.9551000.163
2.476-2.6730.2272080.17642930.17845010.9410.9471000.168
2.673-2.9240.1831900.16639980.16741880.9580.961000.164
2.924-3.2640.2211940.1735900.17237840.9440.9541000.174
3.264-3.7570.1791910.15231970.15333880.9640.9691000.161
3.757-4.5750.1571540.13927260.1428810.9740.97699.96530.156
4.575-6.3590.196950.1722110.17123060.9630.9691000.194
6.359-24.4380.195820.19913390.19914210.9740.9751000.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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