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万見
- PDB-2hhm: STRUCTURE OF INOSITOL MONOPHOSPHATASE, THE PUTATIVE TARGET OF LIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hhm
タイトルSTRUCTURE OF INOSITOL MONOPHOSPHATASE, THE PUTATIVE TARGET OF LITHIUM THERAPY
要素INOSITOL MONOPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / glucose-6-phosphatase activity / glucose-1-phosphatase activity / glycerol-2-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / fructose-1-phosphatase activity / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / lithium ion binding ...D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / glucose-6-phosphatase activity / glucose-1-phosphatase activity / glycerol-2-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / fructose-1-phosphatase activity / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / lithium ion binding / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphate-containing compound metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase, lithium-sensitive / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Inositol monophosphatase, lithium-sensitive / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Inositol monophosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bone, R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Structure of inositol monophosphatase, the putative target of lithium therapy.
著者: Bone, R. / Springer, J.P. / Atack, J.R.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1992
タイトル: C/DNA Cloning of Human and Rat Brain Myo-Inositol Monophosphatase: Expression and Characterization of the Human Recombinant Enzyme
著者: Mcallister, G. / Whiting, P. / Hammond, E.A. / Knowles, M.R. / Atack, J.R. / Bailey, F.J. / Maigetter, R. / Ragan, C.I.
履歴
登録1992年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSITOL MONOPHOSPHATASE
B: INOSITOL MONOPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6846
ポリマ－60,1772
非ポリマー5074
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.200, 86.200, 154.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 186 AND PRO B 186 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 INOSITOL MONOPHOSPHATASE


分子量: 30088.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P29218, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
164-68 %sat1reservoirLi2SO4
25 mMglutathione1reservoir
33 mM1reservoirNaN3
42-6 mM1reservoirGd2(SO4)3can be replaced with 5mM CaSO4
510 mg/mlinositol monophosphatase1drop
620 mMTris-HCl1drop
71 mMEGTA1drop
82 mMo-phenanthroline1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 19468 / % possible obs: 93.3 % / Num. measured all: 64631 / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.166 / 最高解像度: 2.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4232 0 12 237 4481
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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