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- PDB-6zjk: Ribonucleotide reductase R2 subunit from Clostridium botulinum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zjk
タイトルRibonucleotide reductase R2 subunit from Clostridium botulinum
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ribonucleotide / reductase / nucleotide / R2
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Martinez-Carranza, M. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A ribonucleotide reductase from Clostridium botulinum reveals distinct evolutionary pathways to regulation via the overall activity site.
著者: Martinez-Carranza, M. / Jonna, V.R. / Lundin, D. / Sahlin, M. / Carlson, L.A. / Jemal, N. / Hogbom, M. / Sjoberg, B.M. / Stenmark, P. / Hofer, A.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,80116
ポリマ－172,9864
非ポリマー81512
水3,477193
1
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9018
ポリマ－86,4932
非ポリマー4086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
2
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9018
ポリマ－86,4932
非ポリマー4086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.827, 61.854, 154.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-544-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量: 43246.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (strain Loch Maree / Type A3) (ボツリヌス菌)
株: Loch Maree / Type A3 / 遺伝子: nrdB, CLK_2200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1KYY8, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium bromide, Bis Tris propane pH 6.5, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
ReflectionLimit h max: 99 / Limit h min: -103 / Limit k max: 19 / Limit k min: -20 / Limit l max: 75 / Limit l min: -74 / 数: 123556 / Theta max: 13.345875285 ° / Theta min: 0.544372704633 °
反射解像度: 2→83.68 Å / Num. obs: 106664 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 7815 / CC1/2: 0.664
Cell measurementReflection used: 123556 / Theta max: 13.345875285 ° / Theta min: 0.544372704633 °

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.18rc4-3812-000精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RCC

2rcc


解像度: 2→83.67 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 5455 5.16 %
Rwork0.222 --
obs0.2227 105789 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.08 Å2 / Biso mean: 54.6969 Å2 / Biso min: 31.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→83.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10647 0 32 193 10872
Biso mean--52.28 50.86 -
残基数----1264
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.0152 Å / Origin y: 15.2283 Å / Origin z: 32.2143 Å
111213212223313233
T0.2414 Å2-0.011 Å2-0.0052 Å2-0.6355 Å20.0538 Å2--0.3163 Å2
L0.6359 °2-0.2452 °2-0.3285 °2-0.2352 °20.2786 °2--0.799 °2
S0.0859 Å °0.0418 Å °0.1065 Å °-0.0592 Å °-0.0187 Å °-0.0591 Å °-0.0239 Å °-0.0303 Å °-0.0734 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC0 - 315
2X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 315
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 315
4X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 315
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 197
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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