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万見
- PDB-6y2n: Crystal structure of ribonucleotide reductase R2 subunit solved b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y2n
タイトルCrystal structure of ribonucleotide reductase R2 subunit solved by serial synchrotron crystallography
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 SUBUNIT / MN/FE COFACTOR / METALLOPROTEIN OXIDOREDUCTASE / FERRITIN-LIKE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MANGANESE (III) ION / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shilova, A. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Hogbom, M. / Mueller, U.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-04018 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationWallenberg Academy Fellows 2017.0275 スウェーデン
European Research Council (ERC)HIGH-GEAR 724394 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2020
タイトル: Current status and future opportunities for serial crystallography at MAX IV Laboratory.
著者: Shilova, A. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Nan, J. / Welin, M. / Kovacic, R. / Ghosh, S. / Safari, C. / Friel, R.J. / Milas, M. / Matej, Z. / Hogbom, M. / Branden, G. / Kloos, M. / Shoeman, ...著者: Shilova, A. / Lebrette, H. / Aurelius, O. / Nan, J. / Welin, M. / Kovacic, R. / Ghosh, S. / Safari, C. / Friel, R.J. / Milas, M. / Matej, Z. / Hogbom, M. / Branden, G. / Kloos, M. / Shoeman, R.L. / Doak, B. / Ursby, T. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Mueller, U.
履歴
登録2020年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7203
ポリマ－39,6091
非ポリマー1112
水41423
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4396
ポリマ－79,2182
非ポリマー2224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_335-y-2,-x-2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)64.320, 64.320, 153.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量: 39608.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (strain ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338) (バクテリア)
遺伝子: nrdB, SACE_1282, A8924_1677 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A4F980, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.49 % / 解説: square bipyramid
結晶化温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 4.5
詳細: 16% (w/v) polyethylene glycol 3350, 2% (v/v) tacsimate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.3 Å / Num. obs: 13245 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 516 % / Biso Wilson estimate: 81.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.73
反射 シェル解像度: 2.4→2.58 Å / Num. unique obs: 2336 / CC1/2: 0.64
Serial crystallography sample delivery解説: Silicon nitride membranes / 手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
MxCuBEデータ収集
PHENIX位相決定
CrystFEL0.7.0データスケーリング
Coot0.8.9.2モデル構築
CrystFEL0.7.0データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Unpublished

解像度: 2.4→59.3 Å / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.9869
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 653 5 %
Rwork0.1734 12407 -
obs0.1757 13060 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2493 0 2 23 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00282582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49183505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0354370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4779952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.2591240.22962336X-RAY DIFFRACTION96.06
2.59-2.850.25421250.21392417X-RAY DIFFRACTION98.26
2.85-3.260.27591300.20062471X-RAY DIFFRACTION98.93
3.26-4.10.18751330.18342497X-RAY DIFFRACTION99.7
4.1-59.30.221410.15942686X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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