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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zje | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human adenylate kinase 3, AK3, in complex with inhibitor Ap5A | ||||||
![]() | GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() UTP metabolic process / ITP metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grundstrom, C. / Rogne, P. / Wolf-Watz, M. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for GTP versus ATP Selectivity in the NMP Kinase AK3. 著者: Rogne, P. / Dulko-Smith, B. / Goodman, J. / Rosselin, M. / Grundstrom, C. / Hedberg, C. / Nam, K. / Sauer-Eriksson, A.E. / Wolf-Watz, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25599.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UIJ7, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 313分子 ![](data/chem/img/AP5.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AP5 / | ||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Purified hAK3 was dialyzed against 30 mM MOPS buffer with 50 mM NaCl pH 7.0 and concentrated to 15-20 mg per ml. The resevoir contained 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.0 and 20% PEG 6000. Drop ...詳細: Purified hAK3 was dialyzed against 30 mM MOPS buffer with 50 mM NaCl pH 7.0 and concentrated to 15-20 mg per ml. The resevoir contained 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.0 and 20% PEG 6000. Drop size 1 plus 1 microliter. Cryo protection 30% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.48→42.72 Å / Num. obs: 39892 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3174 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.707 / % possible all: 76.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1zd8 解像度: 1.48→40.624 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.64 Å2 / Biso mean: 30.4604 Å2 / Biso min: 15.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.48→40.624 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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