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- PDB-6zjc: Crystal structure of Equus ferus caballus glutathione transferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zjc
タイトルCrystal structure of Equus ferus caballus glutathione transferase A3-3 in complex with glutathione and triethyltin
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / steroid isomerase / detoxication / hormone biosynthesis / organotin compounds / endocrine disrupting chemicals / environmental pollutants
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Triethyltin bromide / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Skerlova, J. / Ismail, A. / Lindstrom, H. / Sjodin, B. / Mannervik, B. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, European Union, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2015-04222 スウェーデン
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
European Regional Development FundCZ.02.2.69/0.0/0.0/16_027/0008477European Union
引用ジャーナル: Environ Pollut / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analysis of the inhibition of equine glutathione transferase A3-3 by organotin endocrine disrupting pollutants.
著者: Skerlova, J. / Ismail, A. / Lindstrom, H. / Sjodin, B. / Mannervik, B. / Stenmark, P.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glutathione S-transferase
A: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase
C: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,30016
ポリマ－101,4554
非ポリマー2,84512
水5,134285
1
B: Glutathione S-transferase
A: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1508
ポリマ－50,7282
非ポリマー1,4236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
2
D: Glutathione S-transferase
C: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1508
ポリマ－50,7282
非ポリマー1,4236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.401, 54.728, 97.115
Angle α, β, γ (deg.)88.170, 78.740, 86.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22D
13B
23C
14A
24D
15A
25C
16D
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 222 / Label seq-ID: 3 - 222

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BA
21AB
12BA
22DC
13BA
23CD
14AB
24DC
15AB
25CD
16DC
26CD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase


分子量: 25363.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: GSTA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9ZT87, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-QLT / Triethyltin bromide / bromanyl(triethyl)stannane / トリエチルブロモスタンナン


分子量: 285.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15BrSn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.02 M of each monosaccharide (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, and N- ...詳細: 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.02 M of each monosaccharide (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, and N-acetyl-D-glucosamine), and 20 mM triethyltin bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.37 Å / Num. obs: 49746 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 171719 / Scaling rejects: 494
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.270.4421506643060.9140.2770.5232.597.4
9.07-48.370.04524987120.9980.0270.05215.199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZJ9

6zj9


解像度: 2.2→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.2607 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2095 2503 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1751 47212 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.84 Å2 / Biso mean: 32.704 Å2 / Biso min: 13.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.82 Å2-1.17 Å22.72 Å2
2---2.84 Å2-0.47 Å2
3----1.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7076 0 140 285 7501
Biso mean--39.36 32.12 -
残基数----880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0137424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0330.0177388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.65410008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1861.59217152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0285892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47421.702376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.286151408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3531552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021472
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B74050.06
12A74050.06
21B74450.04
22D74450.04
31B74250.06
32C74250.06
41A74200.06
42D74200.06
51A74240.05
52C74240.05
61D74020.05
62C74020.05
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 175 -
Rwork0.239 3493 -
all-3668 -
obs--97.29 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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