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- PDB-6zj6: Structure of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zj6
タイトルStructure of the GH99 endo-alpha-mannanase from Bacteroides xylanisolvens in complex with cyclohexylmethyl-Glc-1,3-isofagomine
要素Glycosyl hydrolase family 71
キーワードHYDROLASE / mannosidase / retaining
機能・相同性Glycosyl hydrolase family 99 / Glycosyl hydrolase family 99 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane / ACETATE ION / alpha-D-glucopyranose / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / methylcyclohexane / Glycosyl hydrolase family 71
機能・相同性情報
生物種Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Thompson, A.J. / Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...Thompson, A.J. / Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322942 英国
Australian Research Council (ARC)DP120101396 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130100103 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP180101957 オーストラリア
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/G016127/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02021年1月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_related_exp_data_set / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glycosyl hydrolase family 71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6669
ポリマ－43,9341
非ポリマー7338
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area14700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)107.981, 107.981, 67.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-610-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 71


分子量: 43933.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア)
遺伝子: BXY_34140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6D1V7
#6: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 470分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-QTE / methylcyclohexane / メチルシクロヘキサン


分子量: 98.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IFM / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Afegostat / isofagomine / (3R,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-3,4-DIOL / イソファゴミン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3 M sodium acetate pH 6.6 - 7,4 / PH範囲: 6.6-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→76.35 Å / Num. obs: 153951 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.09→1.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5269 / CC1/2: 0.358 / Rpim(I) all: 0.715 / Rrim(I) all: 1.342 / Χ2: 0.43 / % possible all: 66.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia20.5.902-gffa11588-dials-1.14データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HMG

6hmg


解像度: 1.09→76.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.839 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1355 7638 4.961 %
Rwork0.1133 146308 -
all0.114 --
obs-153946 95.856 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.098 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.098 Å2-0 Å2
3----0.196 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→76.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2906 0 48 463 3417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.674658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5661.5757093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6525448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84222.116189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.48215544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7751521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.22878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.21607
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1010.21429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2270.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1650.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3521.5931544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3511.5921545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8552.3991953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8642.4031954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.241.7791832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.241.7791832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1182.5792660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1182.5792661
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.26819.6884108
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.92918.7544000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.73736397
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.09-1.1180.2913800.27377050.274118340.7220.74868.32010.27
1.118-1.1490.234640.23388430.233115180.8550.85280.8040.225
1.149-1.1820.2165470.196100940.197112700.8910.89894.41880.184
1.182-1.2190.1715110.163103570.163108680.9360.9371000.151
1.219-1.2590.1675270.142100490.144105760.9450.9521000.127
1.259-1.3030.1544890.12997670.13102570.9550.9699.99020.112
1.303-1.3520.1385030.11293360.11398400.9670.97199.98980.095
1.352-1.4070.1354840.09790010.09994850.9730.9781000.083
1.407-1.470.1114480.08186820.08291300.9820.9861000.07
1.47-1.5410.1084480.07682780.07887290.9840.98899.96560.068
1.541-1.6250.1034210.0778560.07282770.9860.9891000.065
1.625-1.7230.1023710.06774940.06878650.9870.9911000.064
1.723-1.8420.0973570.07169890.07273590.9880.99199.82330.072
1.842-1.990.1183370.08665590.08868960.9830.9871000.092
1.99-2.1790.1323330.09659830.09863160.980.9851000.109
2.179-2.4360.1232820.10154660.10257480.9830.9851000.119
2.436-2.8130.1482600.11647940.11850590.9760.98199.90120.143
2.813-3.4440.1412160.12840840.12943000.9740.9781000.163
3.444-4.8650.1231700.12131820.12133560.9830.98399.88080.161
4.865-76.3540.173900.15217890.15318800.9680.9799.94680.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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