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万見
- PDB-6zj1: Structure of an inactive E404Q variant of the catalytic domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zj1
タイトルStructure of an inactive E404Q variant of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with tetrasaccharide N-glycan fragment and hexatungstotellurate(VI) TEW
要素Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
キーワードHYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 99 / Glycosyl hydrolase family 99 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-tungstotellurate(VI) / Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.957 Å
データ登録者Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322942 英国
Australian Research Council (ARC)DP120101396 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130100103 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP180101957 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7165
ポリマ－44,7821
非ポリマー3,9344
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.414, 129.414, 50.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / hEndo / Mandaselin


分子量: 44782.109 Da / 分子数: 1 / 変異: E404Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MANEA / プラスミド: pCold-I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 680.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-3/a2-b1_b2-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: hexagonal, flattened
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 - 8.1, 200 mM MgCl2, 25-27.5% v/v PEG 400, 1 mM TEW Protein in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer at 10 mg/ml.
PH範囲: 7.5 - 8.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95004 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.957→112.076 Å / Num. obs: 17490 / % possible obs: 50.1 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.957→2.155 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1026 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.463 / Rrim(I) all: 1.522 / % possible all: 11.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
Aimlessデータスケーリング
STARANISO2.3.40data processing
REFMAC5.8.0258位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZFA

6zfa


解像度: 1.957→64.707 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.172 / SU B: 5.923 / SU ML: 0.159 / Average fsc free: 0.889 / Average fsc work: 0.9035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 844 4.826 %
Rwork0.1838 16644 -
all0.187 --
obs-17488 50.122 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 40.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.063 Å2-0.032 Å2-0 Å2
2---0.063 Å20 Å2
3---0.205 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.957→64.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2992 0 109 133 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.754617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2111.5986593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2755373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76922.216176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.95615501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4861517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.22874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21542
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0160.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.180.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3210.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2594.1471459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2294.1451458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7586.211825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7676.2141826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8394.5471814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8394.5471814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2986.962738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2976.9592739
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.17747.8923811
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.16647.8093786
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.957-2.0080.328110.3122930.31225600.8410.79411.8750.309
2.008-2.0630.432160.3031790.31424840.7060.7857.85020.302
2.063-2.1230.13820.3231520.32124290.780.7896.34010.321
2.123-2.1880.427320.2867420.29323710.8030.79532.64450.281
2.188-2.260.28190.285420.2822620.8910.80324.80110.269
2.26-2.3390.313480.2738510.27522200.8380.83840.49550.26
2.339-2.4270.263590.2319770.23221350.8730.87948.52460.213
2.427-2.5260.304370.21410540.21720770.8720.89652.52770.197
2.526-2.6380.351580.22710480.23419830.8740.88755.77410.209
2.638-2.7670.286380.2434930.24618670.8070.8928.44130.22
2.767-2.9160.295790.21211720.21717940.8710.90669.73240.193
2.916-3.0930.326490.21812590.22217190.8560.90376.09080.2
3.093-3.3060.271660.22412930.22716070.9130.90184.56750.214
3.306-3.570.281810.21813040.22215050.9020.92292.02660.205
3.57-3.9090.251440.18410140.18713730.9350.94177.05750.177
3.909-4.3690.202460.14511710.14712440.9530.96497.82960.141
4.369-5.040.179630.1210630.12411260.9710.9731000.118
5.04-6.1640.232360.1379160.1419520.950.9661000.137
6.164-8.6780.242300.1657220.1677520.9340.951000.169
8.678-64.7070.217300.1714010.1744320.9280.95599.76850.188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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