PDB-6ziv: Crystal structure of a Beta-glucosidase from Alicyclobacillus aci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ziv

タイトル

Crystal structure of a Beta-glucosidase from Alicyclobacillus acidiphilus

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / glucosidase

機能・相同性

IODIDE ION

機能・相同性情報

生物種

Alicyclobacillus tengchongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Gourlay, L.J.

引用

ジャーナル: J.Biotechnol. / 年: 2021
タイトル: Producing natural vanilla extract from green vanilla beans using a beta-glucosidase from Alicyclobacillus acidiphilus.
著者: Delgado, L. / Heckmann, C.M. / De Benedetti, S. / Nardini, M. / Gourlay, L.J. / Paradisi, F.

履歴

登録	2020年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ziv.cif.gz	763.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ziv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ziv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ziv_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ziv_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6ziv_validation.xml.gz	150.2 KB	表示
CIF形式データ	6ziv_validation.cif.gz	208.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6ziv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6ziv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2o9p-d 2j7d-1 3vik-d 2j7e-2 2j7h-2 4gxp-1 2o9r-d 3vif-d 2j77-2 2wc3-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Beta-glucosidase

BBB: Beta-glucosidase

CCC: Beta-glucosidase

DDD: Beta-glucosidase

EEE: Beta-glucosidase

FFF: Beta-glucosidase

GGG: Beta-glucosidase

HHH: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

440 kDa, 8 ポリマー
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1

AAA: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
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3

CCC: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
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4

DDD: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
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5

EEE: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
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6

FFF: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55 kDa, 1 ポリマー
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7

GGG: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
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8

HHH: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.654, 91.644, 159.342
Angle α, β, γ (deg.)	91.616, 90.422, 89.988
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHH

#1: タンパク質	Beta-glucosidase 分子量: 54597.742 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_067621817 (1-449) 由来: (組換発現) Alicyclobacillus tengchongensis (バクテリア) 遺伝子: SD51_06195 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: beta-glucosidase

-
非ポリマー , 5種, 1976分子

#2: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1952 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: condition H3 (0.1 M Bis-Tris pH 5.5 and 25% (w/v) PEG3350) from the JCSG screen (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9139 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9139 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→159.2743 Å / Num. obs: 367007 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 84.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.561 / Num. unique obs: 18349 / CC_1/2: 0.608

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: sequence

解像度: 1.95→46.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.85 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.807 / SU B: 6.593 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2963	24694	9.959 %
R_work	0.2622	223262	-
all	0.266	-	-
obs	-	247956	95.977 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0.05 Å²	-0.046 Å²
2-	-	0.268 Å²	0.119 Å²
3-	-	-	0.096 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28359	0	189	1952	30500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	29687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.636	40408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.268	5	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.117	22.061	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.714	15	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.34	15	194
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	23662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	15675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	19901
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.327	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.339	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.891	1.127	14033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.387	1.685	17519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.937	1.15	15654
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.414	1.705	22846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.389	15.048	48396
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.086	0.05	15182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.086	0.05	15037
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.091	0.05	14988
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.086	0.05	15019
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.086	0.05	14971
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.091	0.05	15024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.1	0.05	14141
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.075	0.05	15999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.075	0.05	16025
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.085	0.05	15708
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.074	0.05	15981
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.082	0.05	15708
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.093	0.05	14136
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.068	0.05	15896
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.069	0.05	15747
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.071	0.05	15814
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.073	0.05	15628
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.084	0.05	14105
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.076	0.05	15628
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.069	0.05	15711
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.078	0.05	15523
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.078	0.05	14127
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.083	0.05	15524
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.085	0.05	15477
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.088	0.05	14135
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.08	0.05	15571
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.092	0.05	14075
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.09	0.05	14124

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.347	1579	0.315	14973	X-RAY DIFFRACTION	86.951
2.001-2.055	0.347	1695	0.308	15454	X-RAY DIFFRACTION	92.0208
2.055-2.115	0.333	1712	0.302	15522	X-RAY DIFFRACTION	95.0684
2.115-2.18	0.342	1685	0.298	15360	X-RAY DIFFRACTION	96.6489
2.18-2.252	0.327	1587	0.289	14965	X-RAY DIFFRACTION	96.9882
2.252-2.331	0.331	1629	0.287	14344	X-RAY DIFFRACTION	97.0708
2.331-2.419	0.326	1484	0.285	13983	X-RAY DIFFRACTION	96.7232
2.419-2.517	0.331	1425	0.275	13431	X-RAY DIFFRACTION	97.1234
2.517-2.629	0.313	1550	0.274	12723	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.629-2.757	0.321	1402	0.27	12220	X-RAY DIFFRACTION	97.3139
2.757-2.907	0.315	1321	0.27	11686	X-RAY DIFFRACTION	97.3942
2.907-3.083	0.289	1278	0.268	11059	X-RAY DIFFRACTION	97.4949
3.083-3.296	0.293	1162	0.262	10399	X-RAY DIFFRACTION	97.1921
3.296-3.56	0.28	1077	0.248	9573	X-RAY DIFFRACTION	96.9151
3.56-3.899	0.259	935	0.229	8988	X-RAY DIFFRACTION	97.7635
3.899-4.359	0.228	948	0.207	8054	X-RAY DIFFRACTION	97.8372
4.359-5.033	0.216	749	0.197	7236	X-RAY DIFFRACTION	98.3011
5.033-6.162	0.243	672	0.216	6037	X-RAY DIFFRACTION	97.8559
6.162-8.708	0.232	490	0.215	4700	X-RAY DIFFRACTION	98.9703

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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