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- PDB-6zij: Crystal Structure of Two-Domain Laccase mutant R240H from Strepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zij
タイトルCrystal Structure of Two-Domain Laccase mutant R240H from Streptomyces griseoflavus
要素Two-domain laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Two-Domain Laccase / laccase / Streptomyces griseoflavus
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / iron ion transport / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN MOLECULE / Two-domain laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Tishchenko, T.V. / Kolyadenko, I.A.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-04-00270 ロシア
Russian Foundation for Basic Research19-34-90121 ロシア
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2022
タイトル: The role of positive charged residue in the proton-transfer mechanism of two-domain laccase from Streptomyces griseoflavus Ac-993.
著者: Gabdulkhakov, A. / Kolyadenko, I. / Oliveira, P. / Tamagnini, P. / Mikhaylina, A. / Tishchenko, S.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-domain laccase
B: Two-domain laccase
C: Two-domain laccase
D: Two-domain laccase
E: Two-domain laccase
F: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,77046
ポリマ－208,3966
非ポリマー2,37540
水17,366964
1
A: Two-domain laccase
B: Two-domain laccase
C: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,41324
ポリマ－104,1983
非ポリマー1,21521
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12900 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
D: Two-domain laccase
E: Two-domain laccase
F: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,35722
ポリマ－104,1983
非ポリマー1,15919
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12300 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 94.320, 116.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.687, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Two-domain laccase


分子量: 34732.590 Da / 分子数: 6 / 変異: R240H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4FJ81, laccase

-
非ポリマー , 6種, 1004分子

#2: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % w/v PEG 3350 0.2 M Ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 207262 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.34 % / Biso Wilson estimate: 19.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.34
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 15082 / CC1/2: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PHENIX1.18_3861精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LHL

5lhl


解像度: 1.6→45.83 Å / SU ML: 0.1824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 20.2377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1811 10124 4.88 %
Rwork0.1448 197124 -
obs0.1466 207248 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12742 0 77 964 13783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006613421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.796118252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05651860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00482450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.41814793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.33773380.27936370X-RAY DIFFRACTION95.11
1.62-1.640.31513540.24696518X-RAY DIFFRACTION96.48
1.64-1.660.29363280.23226514X-RAY DIFFRACTION96.33
1.66-1.680.30623370.23046536X-RAY DIFFRACTION96.38
1.68-1.70.30753130.22646523X-RAY DIFFRACTION96.43
1.7-1.720.28653270.21856576X-RAY DIFFRACTION96.67
1.72-1.750.26023710.2056534X-RAY DIFFRACTION96.61
1.75-1.770.2343210.19156413X-RAY DIFFRACTION95.54
1.77-1.80.24143620.18216239X-RAY DIFFRACTION92.88
1.8-1.830.22363390.17916558X-RAY DIFFRACTION96.48
1.83-1.860.2533410.18416497X-RAY DIFFRACTION96.69
1.86-1.90.23133180.17236572X-RAY DIFFRACTION96.69
1.9-1.930.21533100.16786592X-RAY DIFFRACTION96.8
1.93-1.970.21343470.15896575X-RAY DIFFRACTION96.73
1.97-2.020.20193530.14876482X-RAY DIFFRACTION96.24
2.02-2.060.20043130.14376503X-RAY DIFFRACTION96.26
2.06-2.110.19082910.146691X-RAY DIFFRACTION97.45
2.11-2.170.18513310.1436594X-RAY DIFFRACTION97.58
2.17-2.240.20183730.13996615X-RAY DIFFRACTION97.86
2.24-2.310.1963770.14276595X-RAY DIFFRACTION98.02
2.31-2.390.18673080.13826692X-RAY DIFFRACTION98.05
2.39-2.490.17953900.1386587X-RAY DIFFRACTION97.83
2.49-2.60.18493150.13716737X-RAY DIFFRACTION98.44
2.6-2.740.17042980.14026735X-RAY DIFFRACTION98.34
2.74-2.910.18412870.1446723X-RAY DIFFRACTION98.41
2.91-3.130.17053330.14036648X-RAY DIFFRACTION97.2
3.13-3.450.1623490.13666627X-RAY DIFFRACTION97.47
3.45-3.950.14443920.1256564X-RAY DIFFRACTION96.6
3.95-4.970.11873580.10516662X-RAY DIFFRACTION97.64
4.97-45.830.14623500.13286652X-RAY DIFFRACTION95.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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