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- PDB-6zi3: Crystal structure of OleP-6DEB bound to L-rhamnose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zi3
タイトルCrystal structure of OleP-6DEB bound to L-rhamnose
要素Cytochrome P-450
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / 8.8a-deoxyoleandolide monooxygenase / 8.8a-deoxyoleandolide
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
6-DEOXYERYTHRONOLIDE B / FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / alpha-L-rhamnopyranose / Cytochrome P-450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces antibioticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Vallone, B. / Parisi, G. / Freda, I.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Pasteur Institute イタリア
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Dissecting the Cytochrome P450 OleP Substrate Specificity: Evidence for a Preferential Substrate.
著者: Parisi, G. / Freda, I. / Exertier, C. / Cecchetti, C. / Gugole, E. / Cerutti, G. / D'Auria, L. / Macone, A. / Vallone, B. / Savino, C. / Montemiglio, L.C.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P-450
B: Cytochrome P-450
C: Cytochrome P-450
D: Cytochrome P-450
E: Cytochrome P-450
F: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,663244
ポリマ－270,0726
非ポリマー17,590238
水20,8791159
1
A: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,23448
ポリマ－45,0121
非ポリマー3,22247
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,40871
ポリマ－45,0121
非ポリマー4,39670
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,31267
ポリマ－45,0121
非ポリマー4,30066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,93921
ポリマ－45,0121
非ポリマー1,92720
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,70916
ポリマ－45,0121
非ポリマー1,69615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,06121
ポリマ－45,0121
非ポリマー2,04920
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)247.379, 111.149, 159.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Cytochrome P-450


分子量: 45012.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア)
遺伝子: oleP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59819
#4: 糖
ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 1390分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-DEB / 6-DEOXYERYTHRONOLIDE B


分子量: 386.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H38O6
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4.2 M Sodium Formate (HCOONa)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 462663 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.96→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 73872 / CC1/2: 0.362

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5MNS

5mns


解像度: 2.08→48.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22501 9943 5 %RANDOM
Rwork0.17168 ---
obs0.17438 189127 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.045 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å2-0.55 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→48.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18570 0 1173 1159 20902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01322032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01720820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.68130141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3411.59748233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.80452892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.06419.9551339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.351153651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.69415272
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0225521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.025135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2914.15410134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2914.15410135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3686.22412806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3686.22412807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8174.55111898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5194.40411493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8996.59917065
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.81749.59824655
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.79649.51324638
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 726 -
Rwork0.427 13994 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7596-0.12710.30230.6882-0.5241.16030.10180.1550.12370.0711-0.10460.0741-0.1130.13270.00290.0475-0.04360.04730.0996-0.02490.1148-68.7548-24.420719.3995
21.7166-0.027-0.00550.6608-0.2310.97460.0409-0.0079-0.1490.0194-0.0193-0.11030.0736-0.0026-0.02160.0474-0.0421-0.03790.06010.06990.140942.88394.781562.2839
31.0155-0.0053-0.00170.4168-0.30340.96610.0575-0.02560.00780.044-0.0215-0.0152-0.10550.0832-0.0360.0595-0.04320.01960.0362-0.00010.07033.8004-22.836281.4402
41.98220.2645-0.19530.5652-0.1251.1890.1606-0.1013-0.25980.05810.0384-0.03370.1416-0.1013-0.19890.0661-0.0897-0.11070.20280.18320.2004-30.6745.75121.3794
51.436-0.06270.38051.8091-0.01521.4978-0.0319-0.09330.1533-0.07360.1190.1878-0.0227-0.2622-0.0870.0083-0.0046-0.02060.05980.0260.1144-21.816714.699141.4193
60.6119-0.19970.58551.4925-0.20711.2247-0.0799-0.4069-0.0410.15340.1220.23580.0064-0.3685-0.04210.04180.0435-0.01060.28420.06740.171950.662622.226102.1864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 1401
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 1401
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 503
5X-RAY DIFFRACTION5E13 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6F11 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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