PDB-6zi3: Crystal structure of OleP-6DEB bound to L-rhamnose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zi3

タイトル

Crystal structure of OleP-6DEB bound to L-rhamnose

要素

Cytochrome P-450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / 8.8a-deoxyoleandolide monooxygenase / 8.8a-deoxyoleandolide

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces antibioticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Vallone, B. / Parisi, G. / Freda, I.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Dissecting the Cytochrome P450 OleP Substrate Specificity: Evidence for a Preferential Substrate.
著者: Parisi, G. / Freda, I. / Exertier, C. / Cecchetti, C. / Gugole, E. / Cerutti, G. / D'Auria, L. / Macone, A. / Vallone, B. / Savino, C. / Montemiglio, L.C.

履歴

登録	2020年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zi3.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zi3.ent.gz	897.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zi3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zhzC 6zi2C 6zi7C 5mnsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ibj-d 4iq9-d 6hqd-3 6hqd-2 4iq7-d 5ibd-d 6rqd-d 1q5e-d 3g5f-d 1n4g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P-450

B: Cytochrome P-450

C: Cytochrome P-450

D: Cytochrome P-450

E: Cytochrome P-450

F: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

288 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Cytochrome P-450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	247.379, 111.149, 159.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABCDEF

#1: タンパク質

Cytochrome P-450

分子量: 45012.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces antibioticus (バクテリア)
遺伝子: oleP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59819

#4: 糖

ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

-
非ポリマー , 7種, 1390分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-DEB / 6-DEOXYERYTHRONOLIDE B / 6-デオキシエリスロノリドB 分子量: 386.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₈O₆
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4.2 M Sodium Formate (HCOONa)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 462663 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.96→2.08 Å / R_merge(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 73872 / CC_1/2: 0.362

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5MNS

5mns

解像度: 2.08→48.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22501	9943	5 %	RANDOM
R_work	0.17168	-	-	-
obs	0.17438	189127	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.045 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.76 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.08→48.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18570	0	1173	1159	20902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	22032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	20820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.681	30141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	1.597	48233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.804	5	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.064	19.955	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.351	15	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.694	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	25521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.291	4.154	10134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.291	4.154	10135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.368	6.224	12806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.368	6.224	12807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.817	4.551	11898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.519	4.404	11493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.899	6.599	17065
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.817	49.598	24655
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.796	49.513	24638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.447	726	-
R_work	0.427	13994	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7596	-0.1271	0.3023	0.6882	-0.524	1.1603	0.1018	0.155	0.1237	0.0711	-0.1046	0.0741	-0.113	0.1327	0.0029	0.0475	-0.0436	0.0473	0.0996	-0.0249	0.1148	-68.7548	-24.4207	19.3995
2	1.7166	-0.027	-0.0055	0.6608	-0.231	0.9746	0.0409	-0.0079	-0.149	0.0194	-0.0193	-0.1103	0.0736	-0.0026	-0.0216	0.0474	-0.0421	-0.0379	0.0601	0.0699	0.1409	42.8839	4.7815	62.2839
3	1.0155	-0.0053	-0.0017	0.4168	-0.3034	0.9661	0.0575	-0.0256	0.0078	0.044	-0.0215	-0.0152	-0.1055	0.0832	-0.036	0.0595	-0.0432	0.0196	0.0362	-0.0001	0.0703	3.8004	-22.8362	81.4402
4	1.9822	0.2645	-0.1953	0.5652	-0.125	1.189	0.1606	-0.1013	-0.2598	0.0581	0.0384	-0.0337	0.1416	-0.1013	-0.1989	0.0661	-0.0897	-0.1107	0.2028	0.1832	0.2004	-30.674	5.7512	1.3794
5	1.436	-0.0627	0.3805	1.8091	-0.0152	1.4978	-0.0319	-0.0933	0.1533	-0.0736	0.119	0.1878	-0.0227	-0.2622	-0.087	0.0083	-0.0046	-0.0206	0.0598	0.026	0.1144	-21.8167	14.6991	41.4193
6	0.6119	-0.1997	0.5855	1.4925	-0.2071	1.2247	-0.0799	-0.4069	-0.041	0.1534	0.122	0.2358	0.0064	-0.3685	-0.0421	0.0418	0.0435	-0.0106	0.2842	0.0674	0.1719	50.6626	22.226	102.1864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 601
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 1401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 1401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 503
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	13 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	11 - 701

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